Dear gmx users,<br>    <br>    I have accommodated a Linux Cluster consisting of 8 nodes with the following specification:<br>    <br>  Node HW: Two Dual-Core Opteron 2212 (2GHz + 1 MB cache every core),  which means totally 4 cores on every node + 2GByte RAM + Gigabit Eth  NICs.<br>  Network Infrastructure: Gigabit Ethernet (Catalyst 2960) + Linux TCP/IP stack.<br>  OS: Fedora-Core 5.<br>    <br>    I configured and compiled lam (with default parameters), FFTW (with  double precision support) and Gromacs (with mpi-enabled and double  precision supports) seperately without any problems on our Cluster.<br>    <br>    After all, I tried to benchmark the Cluster using your gmxbench pkg.  According to Gmx benchmarks, I also ran parallel benchmarks of DPPC  system that provided with your gmxbench pkg.<br>    <br>    Starting with single node, I tried to fork four processes on single node (with four cores) with the following commands:<br>    <br>    grompp -np 4 -sort -shuffle -f
 grompp.mdp -p   topol.top -c conf.gro -o grompp.tpr<br>    &amp; <br>    mpirun -np 4 mdrun_d -v -deffnm grompp<br>    <br>    everything seems well, four cores utilized very well to about greater than 90%, and the following benchmarks attained:<br>    <br>    &nbsp;&nbsp; &nbsp;M E G A - F L O P S&nbsp;&nbsp; A C C O U N T I N G<br>    <br>    &nbsp;&nbsp; &nbsp;Parallel run - timing based on wallclock.<br>    &nbsp;&nbsp; RF=Reaction-Field&nbsp; FE=Free Energy&nbsp; SCFE=Soft-Core/Free Energy<br>    &nbsp;&nbsp; T=Tabulated&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; W3=SPC/TIP3p&nbsp;&nbsp;&nbsp; W4=TIP4p (single or pairs)<br>    &nbsp;&nbsp; NF=No Forces<br>    <br>  &nbsp;Computing:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  M-Number&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; M-Flops&nbsp;  % of Flops<br>   
 -----------------------------------------------------------------------<br>  &nbsp;LJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  13783.350611&nbsp;&nbsp; 454850.570163&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.7<br>  &nbsp;Coulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  11511.123348&nbsp;&nbsp; 310800.330396&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.3<br>  &nbsp;Coulomb  [W3]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  1477.194071&nbsp;&nbsp; 118175.525680&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.8<br>  &nbsp;Coulomb  [W3-W3]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  2305.011660&nbsp;&nbsp; 539372.728440&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.7<br>  &nbsp;Coulomb + 
 LJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  6733.896263&nbsp;&nbsp; 255888.057994&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.0<br>  &nbsp;Coulomb + LJ  [W3]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  2980.257052&nbsp;&nbsp; 271203.391732&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.4<br>  &nbsp;Coulomb + LJ  [W3-W3]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  5589.019105&nbsp; 1369309.680725&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32.4<br>  &nbsp;Outer nonbonded  loop&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  2892.716574&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28927.165740&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.7<br>  &nbsp;1,4 nonbonded interactions&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  148.509696&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13365.872640&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3<br>  &nbsp;NS-Pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  29597.265161&nbsp;&nbsp;
 621542.568381&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.7<br>  &nbsp;Reset In  Box&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  61.049856&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  549.448704&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>  &nbsp;Shift-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  1218.803712&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7312.822272&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  0.2<br>  &nbsp;CG-CoM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  30.268416&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  877.784064&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>  &nbsp;Sum  Forces&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  1828.205568&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1828.205568&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  0.0<br> 
 &nbsp;Angles&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  291.898368&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47579.433984&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.1<br>  &nbsp;Propers&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  87.057408&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19936.146432&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5<br>  &nbsp;Impropers&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  15.363072&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3195.518976&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  0.1<br>  &nbsp;RB-Dihedrals&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  122.904576&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30357.430272&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.7<br> 
 &nbsp;Virial&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  609.941964&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10978.955352&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3<br>  &nbsp;Update&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  609.401856&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18891.457536&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4<br>  &nbsp;Stop-CM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  609.280000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6092.800000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  0.1<br>  &nbsp;Calc-Ekin&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  609.523712&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16457.140224&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4<br> 
 &nbsp;Lincs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  251.030528&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15061.831680&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4<br>  &nbsp;Lincs-Mat&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  3504.181248&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14016.724992&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3<br>  &nbsp;Constraint-V&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  609.401856&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3656.411136&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  0.1<br>  &nbsp;Constraint-Vir&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  604.522496&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14508.539904&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3<br> 
 &nbsp;Settle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  117.830656&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38059.301888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.9<br>    -----------------------------------------------------------------------<br>  &nbsp;Total&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  4232795.844875&nbsp;&nbsp; 100.0<br>    -----------------------------------------------------------------------<br>    <br>  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  NODE (s)&nbsp;&nbsp; Real (s)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (%)<br>    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time:&nbsp;&nbsp; 2799.000&nbsp;&nbsp; 2799.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100.0<br> 
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  46:39<br>  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  (Mnbf/s)&nbsp;&nbsp; (GFlops)&nbsp;&nbsp; (ns/day)&nbsp; (hour/ns)<br>  Performance:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  15.856&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  1.512&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.309&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 77.750<br>    <br>    <br>    Then in the next step I repeated the above simulations, but for two  nodes. In this phase, I created a lamboot file that lam daemon started  by it as follow:<br>    <br>    Node-1 (repeated 4 times)<br>    Node-2 (repeated 4 times)<br>    <br>    and then execute the following commands:<br>    <br>    grompp -np 8 -sort -shuffle -f grompp.mdp -p topol.top -c conf.gro -o grompp.tpr<br>    &amp; <br>    mpirun -np 8 mdrun_d -v -deffnm grompp<br>    <br>    In this phase I have four running processes (mdrun)
 on every node, with    utilization factor about (60-70%) which got by top commands. The  benchmarks:<br>    <br>    &nbsp;&nbsp; &nbsp;M E G A - F L O P S&nbsp;&nbsp; A C C O U N T I N G<br>    <br>    &nbsp;&nbsp; &nbsp;Parallel run - timing based on wallclock.<br>    &nbsp;&nbsp; RF=Reaction-Field&nbsp; FE=Free Energy&nbsp; SCFE=Soft-Core/Free Energy<br>    &nbsp;&nbsp; T=Tabulated&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; W3=SPC/TIP3p&nbsp;&nbsp;&nbsp; W4=TIP4p (single or pairs)<br>    &nbsp;&nbsp; NF=No Forces<br>    <br>  &nbsp;Computing:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  M-Number&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; M-Flops&nbsp;  % of Flops<br>    -----------------------------------------------------------------------<br> 
 &nbsp;LJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  13784.875630&nbsp;&nbsp; 454900.895790&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.7<br>  &nbsp;Coulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  16468.628499&nbsp;&nbsp; 444652.969473&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.5<br>  &nbsp;Coulomb  [W3]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  866.583623&nbsp;&nbsp;&nbsp; 69326.689840&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.6<br>  &nbsp;Coulomb  [W3-W3]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  2304.621876&nbsp;&nbsp; 539281.518984&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.7<br>  &nbsp;Coulomb +  LJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
 8301.510488&nbsp;&nbsp; 315457.398544&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.4<br>    &nbsp;Coulomb + LJ  [W3]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;    1413.085299&nbsp;&nbsp; 128590.762209&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.0<br>  &nbsp;Coulomb + LJ  [W3-W3]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  5588.477053&nbsp; 1369176.877985&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32.3<br>  &nbsp;Outer nonbonded  loop&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  2958.469329&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29584.693290&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.7<br>  &nbsp;1,4 nonbonded interactions&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  148.509696&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13365.872640&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3<br>  &nbsp;NS-Pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  29582.701180&nbsp;&nbsp; 621236.724780&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.7<br>  &nbsp;Reset In 
 Box&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  61.049856&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  549.448704&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>  &nbsp;Shift-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  1218.803712&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7312.822272&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  0.2<br>  &nbsp;CG-CoM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  30.268416&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  877.784064&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>  &nbsp;Sum  Forces&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  2437.607424&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2437.607424&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  0.1<br> 
 &nbsp;Angles&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  291.898368&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47579.433984&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.1<br>  &nbsp;Propers&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  87.057408&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19936.146432&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5<br>  &nbsp;Impropers&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  15.363072&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3195.518976&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  0.1<br>  &nbsp;RB-Dihedrals&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  122.904576&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30357.430272&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.7<br> 
 &nbsp;Virial&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  610.482072&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10988.677296&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3<br>  &nbsp;Update&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  609.401856&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18891.457536&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4<br>  &nbsp;Stop-CM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  609.280000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6092.800000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  0.1<br>  &nbsp;Calc-Ekin&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  609.523712&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16457.140224&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4<br> 
 &nbsp;Lincs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  251.030528&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15061.831680&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4<br>  &nbsp;Lincs-Mat&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  3504.181248&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14016.724992&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3<br>  &nbsp;Constraint-V&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  609.401856&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3656.411136&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  0.1<br>  &nbsp;Constraint-Vir&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  604.522496&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14508.539904&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3<br> 
 &nbsp;Settle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  117.830656&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38059.301888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.9<br>    -----------------------------------------------------------------------<br>  &nbsp;Total&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  4235553.480319&nbsp;&nbsp; 100.0<br>    -----------------------------------------------------------------------<br>    <br>  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  NODE (s)&nbsp;&nbsp; Real (s)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (%)<br>    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time:&nbsp;&nbsp; 1337.000&nbsp;&nbsp; 1337.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100.0<br> 
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  22:17<br>  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  (Mnbf/s)&nbsp;&nbsp; (GFlops)&nbsp;&nbsp; (ns/day)&nbsp; (hour/ns)<br>    Performance:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;    36.446&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  3.168&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.646&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37.139<br>    <br>    Not so bad, I got a scalability about 100%, but the bad news is that  the processing utilization factor of every core decreased to 60%.  Finally, I did all the above steps but for three physical nodes. The  lamboot script for lamd:<br>    <br>    Node-1 (repeated 4 times because of four cores on every node)<br>    Node-2 (repeated 4 times)<br>    Node-3 (repeated 4 times)<br>    <br>    and then execute the following commands:<br>    <br>    grompp -np 12 -sort -shuffle -f grompp.mdp -p topol.top -c conf.gro -o
 grompp.tpr<br>    &amp; <br>    mpirun -np 12 mdrun_d -v -deffnm grompp<br>    <br>    In this phase I have four running processes (mdrun) on every node, with utilization factor about (45-50%). The benchmarks:<br>    <br>    <br>    &nbsp;&nbsp; &nbsp;M E G A - F L O P S&nbsp;&nbsp; A C C O U N T I N G<br>    <br>    &nbsp;&nbsp; &nbsp;Parallel run - timing based on   wallclock.<br>    &nbsp;&nbsp; RF=Reaction-Field&nbsp; FE=Free Energy&nbsp; SCFE=Soft-Core/Free Energy<br>    &nbsp;&nbsp; T=Tabulated&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; W3=SPC/TIP3p&nbsp;&nbsp;&nbsp; W4=TIP4p (single or pairs)<br>    &nbsp;&nbsp; NF=No Forces<br>    <br>  &nbsp;Computing:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  M-Number&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; M-Flops&nbsp;  % of Flops<br>    -----------------------------------------------------------------------<br> 
 &nbsp;LJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  13784.842940&nbsp;&nbsp; 454899.817020&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10.7<br>  &nbsp;Coulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  14582.358701&nbsp;&nbsp; 393723.684927&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.3<br>  &nbsp;Coulomb  [W3]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  1138.280373&nbsp;&nbsp;&nbsp; 91062.429840&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.1<br>  &nbsp;Coulomb  [W3-W3]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  2306.683307&nbsp;&nbsp; 539763.893838&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.7<br>  &nbsp;Coulomb +  LJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
 7768.301364&nbsp;&nbsp; 295195.451832&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.0<br>  &nbsp;Coulomb + LJ  [W3]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  1946.513725&nbsp;&nbsp; 177132.748975&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.2<br>  &nbsp;Coulomb + LJ  [W3-W3]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  5594.156904&nbsp; 1370568.441480&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32.3<br>  &nbsp;Outer nonbonded  loop&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  3059.386119&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30593.861190&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.7<br>  &nbsp;1,4 nonbonded interactions&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  148.509696&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13365.872640&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3<br>  &nbsp;NS-Pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  29577.291883&nbsp;&nbsp; 621123.129543&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.7<br>  &nbsp;Reset In 
 Box&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  61.049856&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  549.448704&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>  &nbsp;Shift-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  1218.803712&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7312.822272&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  0.2<br>  &nbsp;CG-CoM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  30.268416&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  877.784064&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0<br>  &nbsp;Sum  Forces&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  4265.812992&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4265.812992&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  0.1<br> 
 &nbsp;Angles&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  291.898368&nbsp;&nbsp;&nbsp; 47579.433984&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.1<br>  &nbsp;Propers&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  87.057408&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19936.146432&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5<br>  &nbsp;Impropers&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  15.363072&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3195.518976&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  0.1<br>  &nbsp;RB-Dihedrals&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  122.904576&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30357.430272&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.7<br> 
 &nbsp;Virial&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  611.022180&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10998.399240&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3<br>  &nbsp;Update&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  609.401856&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18891.457536&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4<br>  &nbsp;Stop-CM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  609.280000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6092.800000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  0.1<br>  &nbsp;Calc-Ekin&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  609.523712&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16457.140224&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4<br> 
 &nbsp;Lincs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  251.030528&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15061.831680&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4<br>  &nbsp;Lincs-Mat&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  3504.181248&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14016.724992&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3<br>  &nbsp;Constraint-V&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  609.401856&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3656.411136&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  0.1<br>  &nbsp;Constraint-Vir&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  604.522496&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14508.539904&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.3<br> 
 &nbsp;Settle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  117.830656&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38059.301888&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.9<br>    -----------------------------------------------------------------------<br>  &nbsp;Total&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  4239246.335581&nbsp;&nbsp; 100.0<br>    -----------------------------------------------------------------------<br>    <br>  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  NODE (s)&nbsp;&nbsp; Real (s)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (%)<br>    &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time:&nbsp;&nbsp; 1272.000&nbsp;&nbsp; 1272.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100.0<br> 
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  21:12<br>  &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  (Mnbf/s)&nbsp;&nbsp; (GFlops)&nbsp;&nbsp; (ns/day)&nbsp; (hour/ns)<br>  Performance:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  37.045&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  3.333&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.679&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.333<br>    <br>    <br>    Very bad scalability!<br>  I expected in about 4.5 GFlops, but the results  are like 2 nodes execution. In other words, the third node did nothing  for us at all. I googled Gmx mailing lists, and saw many  topics in this regard. I think that gigabit ethernet's latency is the  performance killer here. I want to know is there any solution for this  problem like recompiling kernel, tcp/ip stack parameters tunning, LAM  recompilation, setup simulations in different way or anything else?<br>    <br>    Any help
 in this regards will be appreciated.<br>    <br>    Thanks.<br>    K. Jahanbakhsh<p>&#32;
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