Hi everyone,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am just thinking
about if in FEP calculation, I have given the position information for
dummy atoms in the directory of [atoms], do I need to give the
directory [virtual_sites] as well? Since I met a problem when I was
giving the [virtual_sites] directory and the problem went away when I
deleted it, I want to make sure if what I did is right.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Here is the informaiton from my topology file: <br>
&nbsp;[atoms&nbsp; ]<br>
;nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
resnr&nbsp;&nbsp; residue atom&nbsp;&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;
charge&nbsp; mass&nbsp;&nbsp;&nbsp; type_B&nbsp;
charge_B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass_B<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;
opls_172&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1
LG6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
21&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4650&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.00800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
opls_999&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0000&nbsp; 1.00800
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;
opls_172&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1
LG6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
22&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4650&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.00800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
opls_999&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0000&nbsp; 1.00800<br>
;opls_999 is defined by myself with an atomtype &quot;V&quot; and 0 charge 0 mass<br>
then is this directory necessary?<br>
[virtual_sites3]<br>
;Site from from from funct theta d<br>
21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 108&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.109<br>
22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 108&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.109<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am quite confused. Please help.<br>
<br>
Regards,<br>
Qin<br>
<br>