Dear all,<br> <br> I am trying to run a simulation of the interaction between two HEME in water. I have done it without problem, but when I use the calculated charge of HEME atoms from ab initio calculation I have problem.<br> <br> The enery minimaization was run without problem with the results:<br> <br> Steepest Descents converged to Fmax &lt; 2000 in 84 steps<br> Potential Energy&nbsp; = -1.5738966e+05<br> Maximum force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.8819653e+03 on atom 77<br> Norm of force&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 9.0745400e+03<br> <br> When I try to run position restraint dynamic the process end with error as follow:<br> <br> <br> &nbsp;<br> t = 1.108 ps: Water molecule starting at atom 10423 can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep.Wrote pdb files with previous and current coordinates.<br> <br> <br> I checked the simulation and I see some of atoms are transfered to the out of the box. I reduced timestep and changed box type and
 coulombtype and deleted some water, but I didn t have any result. Also, the charge in my topology file is as follow:<br> <br> FE&nbsp;&nbsp; &nbsp;1.31<br> NA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.78<br> NB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.81<br> NC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.8<br> ND&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.79<br> CHA&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.33<br> HHA&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0<br> C1A&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.24<br> C2A&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.04<br> C3A&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.06<br> C4A&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.22<br> CMA&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.03<br> CAA&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.02<br> CBA&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.07<br> CGA&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.5<br> O1A&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.18<br> O2A&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.46<br> CHB&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.04<br> HHB&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0<br> C1B&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.22<br> C2B&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.06<br> C3B&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.02<br> C4B&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.22<br> CMB&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.03<br> CAB&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.07<br> CBB&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.01<br> CHC&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.05<br>
 HHC&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0<br> C1C&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.22<br> C2C&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.06<br> C3C&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.03<br> C4C&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.22<br> CMC&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.02<br> CAC&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.08<br> CBC&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.01<br> CHD&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.05<br> HHD&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0<br> C1D&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.23<br> C2D&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.05<br> C3D&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.04<br> C4D&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.24<br> CMD&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.03<br> CAD&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0<br> CBD&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0<br> CGD&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.41<br> O1D&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.61<br> O2D&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.66<br> H1A&nbsp;&nbsp; &nbsp;0.0<br> <br> <br> What should I do?<br> <br> Thanks a lot<br> <br> <br> <br> <p>&#32;Send instant messages to your online friends http://uk.messenger.yahoo.com