<br><br><div><span class="gmail_quote">On 7/23/07, <b class="gmail_sendername">David Mobley</b> &lt;<a href="mailto:dmobley@gmail.com">dmobley@gmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
You don&#39;t need virtual sites. That&#39;s for something else.<br><br>David</blockquote><div><br>
Thanks a lot for your HELP! <br>
</div><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">On 7/23/07, Wang Qin &lt;<a href="mailto:qwang86@gmail.com">qwang86@gmail.com</a>
&gt; wrote:<br>&gt; Hi everyone,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
I am just thinking about if in FEP calculation, I have given the<br>&gt; position information for dummy atoms in the directory of [atoms], do I need<br>&gt; to give the directory [virtual_sites] as well? Since I met a problem when I
<br>&gt; was giving the [virtual_sites] directory and the problem went away when I<br>&gt; deleted it, I want to make sure if what I did is right.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Here is the informaiton from my topology file:<br>&gt;&nbsp;&nbsp; [atoms&nbsp;&nbsp;]
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;;nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;resnr&nbsp;&nbsp;
residue
atom&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;charge&nbsp;&nbsp;mass<br>&gt; type_B&nbsp;&nbsp;charge_B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mass_B<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;21&nbsp;&nbsp;
opls_172&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1
LG6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;H21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.4650&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.00800<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_999&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0000&nbsp;&nbsp;1.00800<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;22&nbsp;&nbsp;
opls_172&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1
LG6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;H22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.4650&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.00800<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_999&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0000&nbsp;&nbsp;1.00800<br>&gt;&nbsp;&nbsp;;opls_999 is defined by myself with an atomtype &quot;V&quot; and 0 charge 0 mass<br>&gt;&nbsp;&nbsp;then is this directory necessary?<br>&gt;&nbsp;&nbsp;[virtual_sites3]<br>&gt;&nbsp;&nbsp;;Site from from from funct theta d
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;10&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
108&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.109<br>&gt;&nbsp;&nbsp;22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 108&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.109<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am quite confused. Please help.<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;Regards,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;Qin<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please search the archive at 
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