Christopher,<br><br>I am a novice in this field and have the same experience like you.<br>I hope this will help you: <br><br>1. Have you compared the molecule&#39;s name in topology file in [ molecules ] section and molecules&#39;s name in .itp file?
<br>2. Does residue names in the topology file match with the name in coordinate file? <br>If not, it is better to math them.<br><br>3. Or, rewrite .mpd file with Linux editor. <br>I don&#39;t know much about Linux. But when I rewrite .mpd file again it works. 
<br><br>Seungpyo Hong<br><br><div><span class="gmail_quote">On 7/24/07, <b class="gmail_sendername">Moore, Jonathan (J)</b> &lt;<a href="mailto:JMoore2@dow.com">JMoore2@dow.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">








<div vlink="purple" link="blue" lang="EN-US">
<div dir="ltr" align="left"><span><font color="#0000ff" face="Arial" size="2">Christopher,</font></span></div>
<div dir="ltr" align="left"><span><font color="#0000ff" face="Arial" size="2"></font></span>&nbsp;</div>
<div dir="ltr" align="left"><span><font color="#0000ff" face="Arial" size="2">I&#39;m afraid I don&#39;t have any other ideas.&nbsp; To confirm 
if your editing method is OK, I would run a GROMACS example with an undmodified 
.mdp file and then modify it (making some trivial change) by your method and see 
if it still runs OK.</font></span></div>
<p><span lang="en-us"><font color="#0000ff" face="Brush Script MT" size="6">Jonathan</font></span> </p>
<p><span class="q"><span lang="en-us"><font color="#ff0000" face="Arial" size="2">____________________________</font></span> <br><span lang="en-us"><b><font color="#808080" face="Comic Sans MS" size="2">Jonathan Moore, 
Ph.D.</font></b></span> <br><span lang="en-us"><font color="#808080" face="Arial" size="1">Research and Engineering Sciences - New Products</font></span> <br><span lang="en-us"><font color="#808080" face="Arial" size="1">
Core R&amp;D</font></span> 
<br><span lang="en-us"><font color="#808080" face="Arial" size="1">The Dow Chemical 
Company</font></span> <br><span lang="en-us"><font color="#808080" face="Arial" size="1">1702 Building, Office 300E</font></span> <br><span lang="en-us"><font color="#808080" face="Arial" size="1">Midland, MI 48674&nbsp; USA</font>
</span> 
<br><span lang="en-us"><font color="#808080" face="Arial" size="1">Phone:&nbsp; (989) 
636-9765 </font></span><br><span lang="en-us"><font color="#808080" face="Arial" size="1">Fax: (989) 636-4019</font></span> <br></span><span lang="en-us"><font color="#808080" face="Arial" size="1">E Mail: <a href="mailto:jmoore2@dow.com" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
jmoore2@dow.com</a></font></span> </p>
<div>&nbsp;</div><br>
<blockquote dir="ltr" style="margin-right: 0px;">
  <div dir="ltr" align="left" lang="en-us">
  <hr>
  <font face="Tahoma" size="2"><b>From:</b> <a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users-bounces@gromacs.org</a> 
  [mailto:<a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users-bounces@gromacs.org</a>] <b>On Behalf Of </b>Christopher 
  Stiles<br><b>Sent:</b> Monday, July 23, 2007 4:42 PM<span class="q"><br><b>To:</b> 
  <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users@gromacs.org</a><br></span><b>Subject:</b> Re: Re: [gmx-users] number of 
  coordinates in coordinate file does not match topology<br></font><br></div>
  <div></div>
  <div><span class="q"><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">Jonathan,</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I had originally done that but I read through the archives and found out that that was an issue. To solve this issue I used the following command in Vim: "set ff=unix" and then I wrote it. So I do not believe that it is an issue any longer as I mentioned on the walk through of my steps at 
<a href="http://cs86.com/CNSE/SWNT.htm" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://cs86.com/CNSE/SWNT.htm</a>. </span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">
&nbsp;</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">Do you have any other ideas on why this might be happening? If so please let me know, and thank you for your help so far!</span></font>
</pre><pre><font face="Cou
 rier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&nbsp;</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">Also please let me know if that command in vim would solve the problem.</span>
</font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&nbsp;</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">~Christopher Stiles </span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2">
<span style="font-size: 10pt;">College</span></font> of Nanoscale Science and Engineering (CNSE)</pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">State University of New York, Albany, New York 12203, USA
</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&nbsp;</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&nbsp;</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2">
<span style="font-size: 10pt;">&gt;Christopher,</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt; </span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">
&gt;When I&#39;ve had this problem before (# of coordinates in coordinate file does not match topology (0)), it has been because &gt;I edited the mdp file under Windows (mismatch between Windows and unix end-of-line characters).&nbsp; Is it possible that you &gt;have done the same?&nbsp; If so, try to run your mdp thr
<br> ough the dos2unix utility.</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt; </span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&nbsp;
</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;Jonathan </span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&nbsp;</span></font></pre><pre>
<font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;____________________________ </span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;Jonathan Moore, Ph.D. </span>
</font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;Research and Engineering Sciences - New Products </span></font></pre></span><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">
&gt;Core R&amp;D &lt;<br> /SPAN&gt;</span></font></pre><span class="q"><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;The Dow Chemical Company </span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2">
<span style="font-size: 10pt;">&gt;1702 Building, Office 300E </span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;Midland, MI 48674&nbsp; USA </span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2">
<span style="font-size: 10pt;">&gt;Phone:&nbsp; (989) 636-9765 </span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;Fax: (989) 636-4019 </span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2">
<span style="font-size: 10pt;">&gt;E Mail: <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">jm<br> oore2 at dow.com</a> </span></font></pre>
<pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&nbsp;</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt; </span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2">
<span style="font-size: 10pt;">&gt;&nbsp;</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&nbsp;</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">
&gt;&nbsp; _____&nbsp; </span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&nbsp;</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;From: <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
gmx-users-bounces at gromacs.org</a> [mailto:<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users-bounces at gromacs.org</a>] On Behalf Of Christopher Stiles
</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;Sent: Monday, July 23, 2007 12:08 PM</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">
&gt;&gt;To: <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">gmx-users at gromacs.org</a></span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2">
<span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;Subject: Re: [gmx-users] number of coordinates in coordinate file does not match topology</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;&nbsp;
</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;&nbsp;</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;&nbsp;</span></font></pre><pre>
<font face="Courier New" size="2"><span>&gt;&gt;I have already asked about this but I think maybe I did not give enough information so I made the following page:</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">
&gt;&gt;&nbsp;</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;<a href="http://cs86.com/CNSE/SWNT.htm" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://cs86.com/CNSE/SWNT.htm
</a></span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;It outlines every step I have taken and where I am stuck is at the end with grompp when it spits out the following &gt;&gt;error:
</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;&nbsp;</span></font></pre></span><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;********************************************************************************************************&lt;
<br> /o:p&gt;</span></font></pre><span class="q"><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;&nbsp;</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;Fatal error:
</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;&nbsp;</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;number of coordinates in coordinate file (SWNT_6_6_144_b4em.gro, 699)
</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;&nbsp;</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; does not match topology (SWNT_6_6_144.top, 0)
</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;&nbsp;</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt; also it updates the SWNT_6_6_144.top file to: SWNT_6_6_144.top
</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;********************************************************************************************************</span></font></pre>
<pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;I have looked through both the *.gro and *.top files and I can not find anything wrong with them; maybe one of you will &gt;&gt;have better luck.
</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;&nbsp;</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;Any help or advice is greatly appreciated!
</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;&nbsp;</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt; </span></font></pre><pre>
<font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;&nbsp;</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;~Christopher Stiles </span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2">
<span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;College of Nanoscale Science and Engineering (CNSE)</span></font></pre><pre><font face="Courier New" size="2"><span style="font-size: 10pt;">&gt;&gt;State University of New York, Albany, New York 12203, USA
</span></font></pre>
  <p><font face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;">&gt;&gt;&nbsp;</span></font></p></span></div></blockquote></div>
<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search
</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br></blockquote></div><br>