helllo Mark<br> Thank you for your quick reply.<br> i have already checked what ever you just told but even then i am getting this problem <br> Sir <br> i would be very thankful if you could tell me any other options like what are the files one should look&nbsp; for resolving this type of restraint problem<br> <br> i have checked in the archive also but&nbsp; i did not find any related question.<br> <br> Thanks <br> following is my input file <br> <br> &nbsp;&nbsp; cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = /lib/cpp&nbsp;&nbsp; ; Preprocessor<br> &nbsp;&nbsp; define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DPOSRE<br> &nbsp;&nbsp; integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp; = steep<br> &nbsp;&nbsp; emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br> &nbsp; nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br> &nbsp; nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br> &nbsp; nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br> &nbsp; xtc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br> &nbsp; energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br> &nbsp; nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br> &nbsp; ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = simple&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br> &nbsp; rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br> &nbsp; coulombtype&nbsp;&nbsp; = PME&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br> &nbsp; rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br> &nbsp; rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br> &nbsp; constraints&nbsp;&nbsp; =
 none&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br> &nbsp; pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br> following is the part of psore.itp file :<br> &nbsp;position restraints for Protein-H of Protein<br> <br> [ position_restraints ]<br> ;&nbsp; i funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcz<br> &nbsp; 13&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50<br> &nbsp; 15&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50<br> &nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50<br> &nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50<br> &nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50<br> &nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50<br> &nbsp; 20&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50<br> &nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 50<br> &nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50<br> <br> following is the part of topology file :<br> ; Include Position restraint file<br> #ifdef POSRES<br> #include "posre.itp"<br> #endif<br> <br> Thanks <br> With regards<br> Aneesh cna <br> <br> <br> &nbsp;<br><br><b><i>Mark Abraham &lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;</i></b> wrote:<blockquote class="replbq" style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"> aneesh chandran wrote:<br>&gt; Hello Users<br>&gt; <br>&gt; I am using gromacs 3.3 with g43a1 force field.<br>&gt; <br>&gt; I ran a minimization using  some positional restraints.<br>&gt; For that i used Define = -dposre in the input file but inspite of that <br>&gt; on checking the log file for the output i found that there is no energy <br>&gt; term corresponding to the positional restraints.
 also i can see much <br>&gt; deviation in the protein structure also.<br>&gt; <br>&gt; I have checked all the required files but did not find any problem in them.<br>&gt; i am having a proper posre.itp file in the directory<br>&gt; <br>&gt; What else should i check to rectify this problem?<br>&gt; waiting for an early reply<br><br>Computers are literal. Follow the examples and conserve upper and lower <br>case. See <br>http://www.gromacs.org/documentation/reference/online/mdp_opt.html#pp <br>and http://wiki.gromacs.org/index.php/Include_File_Mechanism<br><br>Mark<br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read
 http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br></blockquote><br><p>&#32;


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