Hello Users<br><br>I am using gromacs 3.3 with g43a1 force field.<br><br>I ran a minimization using&nbsp; some positional restraints.<br>For that i used Define = -dposre in the input file but inspite of that on checking the log file for the output i found that there is no energy term corresponding to the positional restraints. also i can see much deviation in the protein structure also. <br><br>I have checked all the required files but did not find any problem in them. <br>i am having a proper posre.itp file in the directory <br><br>What else should i check to rectify this problem?<br>waiting for an early reply<br><br>Thanks <br><br>With regards <br>Aneesh cna <br><br> <p>&#32;


      <!--4--><hr size=1></hr> 5, 50, 500, 5000. Store N number of mails in your inbox. <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_mail_4/*http://help.yahoo.com/l/in/yahoo/mail/yahoomail/tools/tools-08.html/">Click here.</a>