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<TITLE>RE: [gmx-users] genion - hangs up</TITLE>
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<BODY>
<!-- Converted from text/plain format -->

<P><FONT SIZE=2>Hi Tsjerk<BR>
<BR>
Thanks for the mail.&nbsp; I think my machine got the problematic Gromacs version when it underwent a big upgrade since I never manually compiled Gromacs on it.&nbsp; In other words it looks like it got a problematic rpm(/deb etc) via Synaptic(/whatever).&nbsp; Is that possible - can this problem have fed through somewhere into prebuilt rpms/debs?<BR>
<BR>
I have managed to rectify the problem by using two rpms off the Gromacs website to first downgrade then upgrade again<BR>
<BR>
alien --scripts -i gromacs-3.2.1-1.i386.rpm&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
alien --scripts -i gromacs-3.3-1.i386.rpm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
<BR>
There were a couple of small errors/warnings but the system seems functional.<BR>
<BR>
Synaptic on another machine is suggesting an upgrade from 3.3-1 to 3.3.1-1.&nbsp; Is that safe to do?<BR>
<BR>
Thanks again for the help<BR>
<BR>
Luciane<BR>
<BR>
Dr Luciane Vieira de Mello&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<BR>
School of Biological Sciences&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;<BR>
Room 2.20, Life Science Building<BR>
Tel:(+44) 151 795 5140<BR>
FAX:(+44) 151 794 5130<BR>
University of Liverpool<BR>
Crown St.,Liverpool L69 7ZB, U.K.<BR>
<BR>
<BR>
<BR>
-----Original Message-----<BR>
From: gmx-users-bounces@gromacs.org on behalf of Tsjerk Wassenaar<BR>
Sent: Thu 7/19/2007 7:53 AM<BR>
To: Discussion list for GROMACS users<BR>
Subject: Re: [gmx-users] genion - hangs up<BR>
<BR>
Hi Luciane,<BR>
<BR>
&gt;&nbsp; David van der Spoel has replied saying:<BR>
&gt;&nbsp; there is a problem compiling gromacs using gcc 4.x that may cause this. see<BR>
&gt; a recent bugzilla entry about it.<BR>
<BR>
Did you compile using the 4.x gcc? In that case, recompile with an<BR>
older version (3.x). That solution was suggested in the same<BR>
discussion.<BR>
<BR>
&gt;&nbsp; While using genion with -np 3, i get 2 lines of Replacing sol. xxx with Na<BR>
&gt; and it hangs up. With -np 1 it works fine and replaces 1 SOL with Na. I<BR>
&gt; thought it might be my system, so went to /tutor/speptide, but it was the<BR>
&gt; same behaviour. I am using gromacs 3.3.1. As I recall genion worked fine<BR>
&gt; under 3.2.<BR>
<BR>
I've had this problem, but only with very high salinity. My solution<BR>
to that problem (decreasing the allowed minimal distance between ions)<BR>
is likely not going to work for you.v So I'd try recompiling if indeed<BR>
you used the 4.x gcc version.<BR>
<BR>
&gt;&nbsp; I am wondering if this problem has already been fixed for version 3.3.1 and<BR>
&gt; if a update for that is available.<BR>
&gt;&nbsp; Is the only solution go back to 3.2?<BR>
<BR>
Frankly, we'd say the problem is with gcc, not with gromacs :) The gcc<BR>
team should really fix what they've broken in the 4.x series :p<BR>
<BR>
Cheers,<BR>
<BR>
Tsjerk<BR>
<BR>
--<BR>
Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<BR>
Junior UD (post-doc)<BR>
Biomolecular NMR, Bijvoet Center<BR>
Utrecht University<BR>
Padualaan 8<BR>
3584 CH Utrecht<BR>
The Netherlands<BR>
P: +31-30-2539931<BR>
F: +31-30-2537623<BR>
_______________________________________________<BR>
gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<BR>
<A HREF="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>
Please search the archive at <A HREF="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</A> before posting!<BR>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>
www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>
Can't post? Read <A HREF="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</A><BR>
<BR>
</FONT>
</P>

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