Hi all.<br><br>Well, I&#39;m having a few problems in implementing an opls-like dihedral potential, what mean, a serie of different periodic dihedral potentials.<br><br>After much problem with the RB potential conversion, Ifound
on the net that the 3.3.1 version of gromacs allows me to use sum of
different periodic potential for the same dihedral, making it
unecessary to use RBs. So, if I wrote the dihedrals in the form:
<br><br>&nbsp;&nbsp; F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CT&nbsp;&nbsp;&nbsp; CT&nbsp;&nbsp;&nbsp; F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.0<br>&nbsp;&nbsp; F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CT&nbsp;&nbsp;&nbsp; CT&nbsp;&nbsp;&nbsp; F&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 180.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.20800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0<br>&nbsp;&nbsp; X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CT&nbsp;&nbsp;&nbsp; CT&nbsp;&nbsp;&nbsp; X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
0.6530&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.0<br><br>And grompp at least &quot;swallowed&quot; it. But I&#39;m not quite sure if I understand how is he dealing with it.<br><br>From what I understand, the
first two potential will sum up together to describe the dihedral of
F-CT-CT-F. Then, all other dihedrals centered in a bond CT-CT and that haven&#39;t been explicit defined before will be
defined by the potential described in the fourth line, correct?
<br><br>If anyone could please clarify this matter better for me I would be very thankfull.<br><br>Thanks a lot in advance for anything.<br><span class="sg"><br>Jones</span><br>