Hello Users<br> <br> I am using gromacs 3.3 with g43a1 force field.<br> <br> I am running a MD without&nbsp; any position restraints. <br> After around 770 ps system stoped running with&nbsp; an error "could not write energies".<br> what could be the problem?<br> waiting for an early reply<br> <br> Thanks in advance<br> <br> with regards<br> Aneesh<br> <br> following is the part of log file<br> Energies (kJ/mol)<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G96Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G96Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih.&nbsp; Improper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.12163e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.41254e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.42482e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.04269e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.50126e+02<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp; Coul. recip.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;
 2.43870e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.06622e+05&nbsp;&nbsp; -7.33872e+05&nbsp;&nbsp; -9.53957e+04&nbsp;&nbsp; -6.89807e+05<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.26392e+05&nbsp;&nbsp; -5.63415e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.00768e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.69426e+02<br> <br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 386000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 772.00006&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<br> <br> &nbsp;&nbsp; Rel. Constraint Deviation:&nbsp; Max&nbsp;&nbsp;&nbsp; between atoms&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMS<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Before LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.048496&nbsp;&nbsp; 2033&nbsp;&nbsp; 2034&nbsp;&nbsp; 0.013339<br>
 &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; After LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000026&nbsp;&nbsp;&nbsp; 269&nbsp;&nbsp;&nbsp; 271&nbsp;&nbsp; 0.000003<br> Energies (kJ/mol)<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G96Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G96Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih.&nbsp; Improper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.21432e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.34757e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.50922e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.45264e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.92081e+02<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp; Coul. recip.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.46610e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.04777e+05&nbsp;&nbsp; -7.32472e+05&nbsp;&nbsp; -9.54459e+04&nbsp;&nbsp; -6.89972e+05<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure
 (bar)<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.26415e+05&nbsp;&nbsp; -5.63557e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.00823e+02&nbsp;&nbsp; -3.26087e+01<br> <br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 386100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 772.20001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<br> <br> &nbsp;&nbsp; Rel. Constraint Deviation:&nbsp; Max&nbsp;&nbsp;&nbsp; between atoms&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMS<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Before LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.060718&nbsp;&nbsp;&nbsp; 968&nbsp;&nbsp;&nbsp; 969&nbsp;&nbsp; 0.014659<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; After LINCS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000015&nbsp;&nbsp;&nbsp; 602&nbsp;&nbsp;&nbsp; 605&nbsp;&nbsp; 0.000002<br> <br>
 -------------------------------------------------------<br> Program mdrun, VERSION 3.3<br> Source code file: enxio.c, line: 343<br> <br> Fatal error:<br> could not write energies<br> -------------------------------------------------------<br> following is my input file<br> <br> &nbsp;integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md&nbsp;<br> &nbsp;&nbsp; dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002&nbsp;<br> &nbsp;&nbsp; nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 125000&nbsp;<br> &nbsp;&nbsp; nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br> &nbsp;&nbsp;
 nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = protein sol MG2+<br> &nbsp;&nbsp; nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 10<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<br> &nbsp;&nbsp; rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME<br> &nbsp;&nbsp;
 rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cut-off<br> &nbsp;&nbsp; rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = berendsen<br> &nbsp;&nbsp; tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = protein sol MG2+<br> &nbsp;&nbsp; tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1 0.1 MG2+<br> &nbsp;&nbsp;
 ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300 300 300<br> &nbsp;&nbsp; Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = berendsen<br> &nbsp;&nbsp; Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic<br> &nbsp;&nbsp; tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br> &nbsp;&nbsp; compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4.5e-5<br> &nbsp;&nbsp; ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<br> &nbsp;&nbsp;&nbsp; gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes<br> &nbsp;&nbsp; gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300<br> &nbsp;&nbsp;
 gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 173529<br> &nbsp;&nbsp; constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = hbonds<br> <br> <br> <br> <br> <BR><BR><p>&#32;


      <!--2--><hr size=1></hr> Unlimited freedom, unlimited storage. <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_mail_2/*http://help.yahoo.com/l/in/yahoo/mail/yahoomail/tools/tools-08.html/">Get it now</a>