Hi All,<br>I want to go for Normal Mode Analysis of a protein in water. I have done the energy minimization of the protein with water molecules. But now I want to calculate the Hessian Matrix with only the protein molecules and not the water molecules. Please tell me how to do that. Is there any option in GROMACS?<br>Please suggest.<br><br>Regards,<br><BR><BR><DIV><FONT color=#0000bf size=4></FONT>&nbsp;</DIV>  <DIV><FONT color=#0000bf><STRONG>Anirban Ghosh</STRONG></FONT></DIV>  <DIV><FONT color=#0000bf><STRONG>M.Tech Bioinformatics</STRONG></FONT></DIV>  <DIV><FONT color=#0000bf><STRONG>University of Hyderabad</STRONG></FONT></DIV>  <DIV><FONT color=#0000bf><STRONG>Hyderabad - 500 046</STRONG></FONT></DIV>  <DIV><FONT color=#0000bf><STRONG>Andhra Pradesh</STRONG></FONT></DIV>  <DIV><FONT color=#0000bf><STRONG>India</STRONG></FONT></DIV><p>&#32;


      <!--2--><hr size=1></hr> Unlimited freedom, unlimited storage. <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_mail_2/*http://help.yahoo.com/l/in/yahoo/mail/yahoomail/tools/tools-08.html/">Get it now</a>