Dear gmx-users, I am trying to extract the ED of a trajectory of protein-DNA complex. I have done the simulation in AMBER and renamed the trajectory to .g87 format. i extracted out a PDB from first frame of the trajectory and use this as toplogy file.

Diagonalising the eigen vector: g_covar -f nowat.g87 -s evxone.pdb -fit -v eigen&nbsp; -o eigenval  I selected the gromos g87 format with box info. least square fit i done with protein and diagonalised with C-alpha atoms alone.

<br><br>Projection:<br>&nbsp;g_anaeig -v eigen.trr -s evxone.pdb -f nowat.g87 -proj proj.xvg -comp comp.xvg -last 10<br><br>The output i get is huge value against each of eigen vector.<br><br><br>I

viewed this projection in IED, it shows movement of the whole molecule

along one plane in both negative and positive axis, in which the

topology file (PDB) is at centre and the trajectory on eigen vector

move away from it.

<br>But if i take a sample output from website (IED itself), it shows

motion in a restricted manner(only the backbone is moving and not the

positional displacement of whole molecule ).<br><br>why it is so?. i

thought my molecule is moving inside the box while simulation, hence i

fit all the trajectory frames to the initial frame, but the same trend

is seen.

<br>my projection values were:<br>&nbsp;0.0000&nbsp; -15.78773<br>&nbsp;&nbsp; 10.0000&nbsp; -24.27282<br>&nbsp;&nbsp; 20.0000&nbsp; -27.06960<br>&nbsp;&nbsp; 30.0000&nbsp; -26.87637<br>&nbsp;&nbsp; 40.0000&nbsp; -25.94341<br>&nbsp;&nbsp; 50.0000&nbsp; -20.00264<br>&nbsp;&nbsp; 60.0000&nbsp; -18.31344<br>&nbsp;&nbsp; 70.0000&nbsp;&nbsp; -

9.77106

<br>&nbsp;&nbsp; 80.0000&nbsp;&nbsp; -7.00634<br>&nbsp;&nbsp; 90.0000&nbsp;&nbsp; -3.74432<br>&nbsp; 100.0000&nbsp;&nbsp; -6.99674<br>&nbsp; 110.0000&nbsp;&nbsp; -4.79401<br>&nbsp; 120.0000&nbsp; -12.33676<br>&nbsp; 130.0000&nbsp;&nbsp; -5.88940<br>&nbsp; 140.0000&nbsp;&nbsp; -8.95927<br>&nbsp; 150.0000&nbsp; -14.07851<br>&nbsp; ..............&nbsp;&nbsp; .............

<br>and so on.<br><br>What can be the mistake in the projection. I am seeing projection values which were low for most simulation.<br><br>Regards<br>