Hi all.<br><br>I think I&#39;m having a really strange problem:<br><br>Well, I have some simulations being performed, and wanted to remove from the bigger molecules any vdw or coulombic intramolecular interaction &quot;longer&quot; than 1-4. So, from 1-5 included forward, I would like to remove from the energetic calculations, but not from the interaction dynamics.
<br><br>To do so, I&#39;ve performed the simulation with nexcl = 3 (standard, and which would include them in the dynamics), and after I increased this number and performed a mdrun -rerun &quot;ressimulation&quot;. Then, I runned the runedr.
<br><br>The problem is: I decided to make a test run. I expect that a &quot;nexcl&quot; number bigger than the total should not yeld problems. So I choosen to increase the nexcl in C2F6 from the standard 3 to 4. Then I runned runedr in both results, and got the following:
<br><br><span style="font-weight: bold;">nexcl = 3:</span><br><br>Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; Tot-Drift<br>-------------------------------------------------------------------------------
<br>Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3040.69&nbsp;&nbsp;&nbsp; 70.0697&nbsp;&nbsp;&nbsp; 66.5161&nbsp;&nbsp; 0.381591&nbsp;&nbsp;&nbsp; 76.3189<br>Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4220.72&nbsp;&nbsp;&nbsp; 79.1057&nbsp;&nbsp;&nbsp; 78.0402&nbsp; -0.224121&nbsp;&nbsp; -44.8247<br>Ryckaert-Bell.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22594.3&nbsp;&nbsp; 0.369332&nbsp;&nbsp; 0.369284
 0.000103437&nbsp; 0.0206876<br>LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4345.47&nbsp;&nbsp;&nbsp; 44.7911&nbsp;&nbsp;&nbsp; 44.5899 -0.0734496&nbsp;&nbsp; -14.6901<br>Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26656.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.5831&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.5831 0.000785301&nbsp;&nbsp; 0.157062<br>LJ (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -
7476.61&nbsp;&nbsp;&nbsp; 69.8678&nbsp;&nbsp;&nbsp; 69.7072 -0.0820061&nbsp;&nbsp; -16.4014<br>Disper. corr.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -233.013&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.80332&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.80306 -0.000532475&nbsp; -0.106496<br>Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 202.088&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.63903&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.62648 -0.00522946&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.0459<br>
Coul. recip.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -228.367&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.4159&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.40872 0.00246637&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.49328<br><br><span style="font-weight: bold;">nexcl = 4:</span><br><br>Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Average&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; RMSD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Fluct.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Drift&nbsp; Tot-Drift
<br>-------------------------------------------------------------------------------<br>Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 312.923&nbsp;&nbsp;&nbsp; 891.374&nbsp;&nbsp;&nbsp; 891.099&nbsp;&nbsp; 0.383169&nbsp;&nbsp;&nbsp; 76.6345<br>Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 425.523&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1210.88&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1210.81
&nbsp; -0.224334&nbsp;&nbsp; -44.8673<br>Ryckaert-Bell.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2259.64&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6430.13&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6430.13 8.98693e-05&nbsp;&nbsp; 0.017974<br>LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 434.682&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1236.91&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1236.9&nbsp; -0.073917&nbsp;&nbsp; -14.7835<br>Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
2665.87&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7586.12&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7586.12 0.000608334&nbsp;&nbsp; 0.121668<br>LJ (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -747.691&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2127.89&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2127.89 -0.0822151&nbsp;&nbsp; -16.4432<br>Disper. corr.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -23.3034&nbsp;&nbsp;&nbsp; 66.3157&nbsp;&nbsp;&nbsp; 66.3157 -0.000532475&nbsp; -0.106496<br>
Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.2105&nbsp;&nbsp;&nbsp; 57.5108&nbsp;&nbsp;&nbsp; 57.5101 -0.00521119&nbsp;&nbsp; -1.04225<br>Coul. recip.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -22.8387&nbsp;&nbsp;&nbsp; 64.9888&nbsp;&nbsp;&nbsp; 64.9886 0.00246332&nbsp;&nbsp; 0.492669<br><br>And the results, for me, doen&#39;t make sense. First, all the contributions, *including* bonds, angles and dihedralss that are *not* to be affected by the nexcl, are reduced by almost 10. Second, since we are talking about C2F6, which doesn&#39;t have any atom farthen than 3 bonds from any other, neither the vdw and coulombic contibutions should have been affected.
<br><br>Could please someone help me with this matter? What have I missed in the logics here?<br><br>Thanks a lot for everybody in advance!<br><br>Sincerally yours,<br><br>Jones<br>