Thank u very much for your suggestion, and now I had get the .gro file and .top file of ATP molecule, but how to I add the ATP molecule into the .gro and .top files of the protein? (If I paste the ATP's datas to the end of protein's file directly, and do <span style="font-weight: bold; font-style: italic;">genbox</span>, then the result (.gro /.top file) only contain the atoms of the protein and water.) <br />And is there any difference between the .mdp file to do <span style="font-weight: bold; font-style: italic;">grompp</span> for this complex and for the system only contain protein and water?<br /><br /><br /><br /><br /><pre><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">mjduan at smail.hust.edu.cn</a> wrote:<br />&gt;<i> Dear GROMACS users:<br /></i>&gt;<i> I want to simulate a complex composed by a protein and an ATP molecule, <br /></i>&gt;<i> and when I use the pdb2gmx to build the topology file and transfer <br /></i>&gt;<i> the*pdb* file to *gro* file,
  it said &quot;/Fatal error: Atom PG in residue <br /></i>&gt;<i> ATP 1 not found in rtp entry with 36 atoms while sorting atoms/&quot;, So how <br /></i>&gt;<i> can I build the *top* file and *gro* file for ATP molecular and simulate <br /></i>&gt;<i> the protein molcular and ATP molecule simultaneity?<br /></i><br />By reading chapter 5 of the manual thoroughly, understanding how the rtp<br />files work for your force field and modifying your .pdb file and/or<br />force field files to work suitably.<br /><br />Mark</pre><br />