<p>Dear GROMACS users:<br />I want to simulate a complex composed by a protein and an ATP molecule, and when I use the pdb2gmx to build the topology file and transfer the<strong>pdb</strong> file to <strong>gro</strong> file, it said &quot;<em>Fatal error: Atom PG in residue ATP 1 not found in rtp entry with 36 atoms while sorting atoms</em>&quot;, So how can I build the <strong>top</strong> file and <strong>gro</strong> file for ATP molecular and simulate the protein molcular and ATP molecule simultaneity?<br />Best wishes!</p><p>Mo-Jie Duan</p>