
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">


<HTML><HEAD>


<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=gb2312">


<META content="MSHTML 6.00.2900.3132" name=GENERATOR>


<STYLE></STYLE>


</HEAD>


<BODY bgColor=#ffffff>


<DIV><FONT size=2>Hello everyone, I met with a problem today. I tried to 


simulate dppc lipid in water.However, when I want to minimize energy ,the grompp 


showed the error message like this: "number of coordinates in coordinate file 


(box.gro 8253 )&nbsp;doesn't match&nbsp; topology ( topol.top , 0 


).</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2>I have used gromacs for sometime and checked the topology and 


itp file carefully , but can't find out the problem.can anyone help me 


?</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2>here is the mdp file</FONT></DIV>


<DIV><FONT 


size=2>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


<BR>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= /lib/cpp 


-traditional-cpp<BR>include&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


none<BR>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


=<BR>constraints &nbsp;&nbsp; = none ;h-bonds<BR>lincs_iter&nbsp;&nbsp; = 


4</FONT></DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2>; RUN CONTROL PARAMETERS = 


<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= steep</FONT></DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT 


size=2>tinit&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 


0<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 0.001&nbsp;; 


ps<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


= 6000</FONT></DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2>nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


; pos to xtc file</FONT></DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 


5<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 


grid<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 


1.0<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 


PME<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 


1.0<BR>vdw-type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 


Cut-off<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 


1.0<BR>fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 0.095&nbsp;; default to 


0.12<BR>fourier_nx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 


0<BR>fourier_ny&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 


0<BR>fourier_nz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 0<BR>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 


4<BR>ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 1e-5<BR>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 


yes</FONT></DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2>; ENERGY MINIMIZATION OPTIONS = 


<BR>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 100.0&nbsp;; default to 


100<BR>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 0.02&nbsp;&nbsp;; default to 


0.01<BR></FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2>here is the topology file,and I have added the ffgmx 


forcefield into "lipid1.itp"</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2>#include "lipid1.itp"<BR>#include "dppc.itp"</FONT></DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2>[ moleculetype ]<BR>; 


molname&nbsp;nrexcl<BR>SOL&nbsp;&nbsp;2</FONT></DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2>[ atoms ]<BR>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr 


residue&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp; OW&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


OW&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


-0.82&nbsp;&nbsp; 15.99940<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; HW 


&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


HW1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0.41&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.00800<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


HW &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


HW2&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.41&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1.00800</FONT></DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2><BR>[ settles ]<BR>; OW&nbsp;funct&nbsp;doh&nbsp;dhh<BR>&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.16330</FONT></DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2>[ exclusions 


]<BR>1&nbsp;2&nbsp;3<BR>2&nbsp;1&nbsp;3<BR>3&nbsp;1&nbsp;2</FONT></DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2>[ system ]<BR>; name<BR>DSPC in water</FONT></DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2>[ molecules ]<BR>; 


name&nbsp;number<BR>&nbsp;DSP&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


64<BR>&nbsp;SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1599<BR></DIV>


<DIV><BR></DIV></FONT></BODY></HTML>