Hi, gmx-users, <br><br>Recently I have try to use AMBER 9 for the simulation of protein with about 300 residues. <br>Surprisingly, I found that AMBER is far slower than GROMACS; GROMACS is about twice faster. <br>I can not figure out the reason. 
<br>Why is GROMACS faster than AMBER? <br>Could anybody know the reason? <br><br>Or have I made a mistake in AMBER or GROMACS simulation? <br><br>If anybody has compared the speed of AMBER and GROMACS, please tell me the result. 
<br><br>Thank you~ <br><br>-- <br>--------------------------------------------------<br>&#39;God used beautiful mathematics in creating the world.&#39;<br>-Paul Dirac <br>&#39;But he created too many object.&#39;<br>-Seungpyo Hong 
<br><br>Seungpyo Hong <br>Master student at PBIL(Protein BioInformatics Lab.) in KAIST, Daejeon Korea<br>Tel. (82)-18-372-2468<br><a href="mailto:sphong_@kaist.ac.kr">sphong_@kaist.ac.kr</a><br><a href="mailto:sp1020@gmail.com">
sp1020@gmail.com</a>