<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><DIV></DIV>
<DIV>It is found on Gromacs' website</DIV>
<DIV><A href="http://www.gromacs.org/content/view/12/176/">http://www.gromacs.org/content/view/12/176/</A></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>Regards,<BR>Yang Ye
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif"><BR><BR>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">----- Original Message ----<BR>From: SeungPyo Hong &lt;sp1020@gmail.com&gt;<BR>To: gmx-users@gromacs.org<BR>Sent: Monday, August 13, 2007 9:12:47 PM<BR>Subject: [gmx-users] GROMACS vs. AMBER speed comparison?<BR><BR>Hi, gmx-users, <BR><BR>Recently I have try to use AMBER 9 for the simulation of protein with about 300 residues. <BR>Surprisingly, I found that AMBER is far slower than GROMACS; GROMACS is about twice faster. <BR>I can not figure out the reason. <BR>Why is GROMACS faster than AMBER? <BR>Could anybody know the reason? <BR><BR>Or have I made a mistake in AMBER or GROMACS simulation? <BR><BR>If anybody has compared the speed of AMBER and GROMACS, please tell me the result. <BR><BR>Thank you~ <BR><BR>-- <BR>--------------------------------------------------<BR>'God used beautiful mathematics in creating the world.'<BR>-Paul Dirac <BR>'But he created too many
 object.'<BR>-Seungpyo Hong <BR><BR>Seungpyo Hong <BR>Master student at PBIL(Protein BioInformatics Lab.) in KAIST, Daejeon Korea<BR>Tel. (82)-18-372-2468<BR><A href="mailto:sphong_@kaist.ac.kr" target=_blank rel=nofollow>sphong_@kaist.ac.kr</A><BR><A href="mailto:sp1020@gmail.com" target=_blank rel=nofollow>sp1020@gmail.com</A></DIV><BR></DIV></div></body></html>