Hi gmx users, <br>I have tried to simulate a box with 1000 molecules
of toluene <br>and I always have obtained a positive value for the potential energy. <br>I
have used three different models of potential (with and without
14 interactions) <br>and all of them provides a positive value for energy. I must be
falling in <br>some error or making some wrong analysis but I do not know
what. <br>Below I put the average values that I got from the
simulations that I made. <br>If somebody will be able to help me, I will be
grateful!<br>Bests<br>eef<br clear="all"><br>Two questions about these results:<br># Why are so larger the values for LJ-14?<br># How can I compose the potential energy from the components?<br>Would not be U = LJ + Coul + bond + ang + dihed ? And LJ-14?
<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; USING OPLS-UA with 14 interactions<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;======&nbsp; ###############&nbsp; ==&gt;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;====&nbsp; A V E R A G E S&nbsp; ====&gt;&nbsp; <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;==&nbsp; ###############&nbsp; ======&gt;<br><br>&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp; Improper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.74553e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.86624e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.04333e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.20512e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp; Disper. corr.&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.
<br>&nbsp;&nbsp; -3.90255e+04&nbsp;&nbsp; -4.73494e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.98090e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.90753e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.62518e+04<br>&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.53271e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.00743e+02&nbsp;&nbsp; -3.32933e+00<br><br><br><br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; USING GMX with 14 interactions
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;======&nbsp; ###############&nbsp; ==&gt;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;====&nbsp; A V E R A G E S&nbsp; ====&gt;&nbsp; <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;==&nbsp; ###############&nbsp; ======&gt;<br><br>&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp; Improper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.75692e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.90052e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.64676e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.45622e+04&nbsp;&nbsp; -1.01334e+02<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp; Disper. corr.&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.<br>&nbsp;&nbsp; -4.84750e+04&nbsp;&nbsp; -2.16220e+03&nbsp;&nbsp; -8.82568e+01&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.38519e+04
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.62111e+04<br>&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.00630e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.00276e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.23474e+00<br><br><br><br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; USING OPLS-AA with 14 interactions<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;======&nbsp; ###############&nbsp; ==&gt;
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;====&nbsp; A V E R A G E S&nbsp; ====&gt;&nbsp; <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;==&nbsp; ###############&nbsp; ======&gt;<br><br>&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.63123e+04
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.60679e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.35409e+04&nbsp;&nbsp; -1.94043e+04&nbsp;&nbsp; -4.08125e+04<br>&nbsp; Disper. corr.&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp; Coul. recip.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.<br>&nbsp;&nbsp; -1.39923e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.83183e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.19773e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.32861e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.65749e+04<br>
&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9.98610e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.02436e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.24669e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br><br><br><br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; USING OPLS-AA without 14 interactions
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;======&nbsp; ###############&nbsp; ==&gt;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;====&nbsp; A V E R A G E S&nbsp; ====&gt; <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;==&nbsp; ###############&nbsp; ======&gt;<br><br>&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp; Disper. corr.&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.02244e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.43199e+04&nbsp;&nbsp; -4.04650e+04&nbsp;&nbsp; -1.39923e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.24955e+03<br>&nbsp;&nbsp; Coul. recip.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.38794e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.23176e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.56793e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.79968e+04
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.97648e+02<br>&nbsp;Pressure (bar)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.73270e+03<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>-- <br>_______________________________________
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