http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2007-August/029155.html<br /><br /><br /><br />Mark:<br />I am sorry to disturb you. I'm a beginner of GROMACS and this "mailing-list" system. I even don't know how to replay a post directly. And yesterday I haven't seen your replay because the list title changed, sorry again!<br /><br />About the problem, I haven't resolved it yet. The .top file of my ATP molecule is generated by the pdb2gmx, and the coordinates of each atom adopted to the pdb file. The force file is ffG43a2. Whether my topology file of ATP molecule have something wrong? The topology file of ATP as following:<br /><br />;    File '../ATP/ATP.top' was generated<br />;    By user: root (0)<br />;    On host: mjduan-desktop<br />;    At date: Wed Aug 15 16:55:53 2007<br />;<br />;    This is your topology file<br />;    "Does All This Money Really Have To Go To Char
ity ?" (Rick)<br />;<br />; Include forcefield parameters<br />#include "ffG43a2.itp"<br /><br />[ moleculetype ]<br />; Name            nrexcl<br />Protein             3<br /><br />[ atoms ]<br />;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB<br />     1         NR      1    ATP    AN9      1       -0.2    14.0067   ; qtot -0.2<br />     2          C      1 
60;  ATP    AC4      1        0.2     12.011   ; qtot 0<br />     3         NR      1    ATP    AN3      2      -0.36    14.0067   ; qtot -0.36<br />     4        CR1      1    ATP    AC2      2       0.36     13.019   ; qtot 0<br />     5         NR      1    ATP    AN1      3      -0.36    14.0067   ;
qtot -0.36<br />     6          C      1    ATP    AC6      3       0.36     12.011   ; qtot 0<br />     7         NT      1    ATP    AN6      4      -0.83    14.0067   ; qtot -0.83<br />     8          H      1    ATP   AH61      4      0.415      1.008   ; qtot -0.415<br />     9          H      1&#
160;   ATP   AH62      4      0.415      1.008   ; qtot 0<br />    10          C      1    ATP    AC5      5          0     12.011   ; qtot 0<br />    11         NR      1    ATP    AN7      5      -0.36    14.0067   ; qtot -0.36<br />    12        CR1      1    ATP    AC8      5       0.36     13.019&#
160;  ; qtot 0<br />    13        CH1      1    ATP   AC1*      6        0.2     13.019   ; qtot 0.2<br />    14         OA      1    ATP   AO4*      6      -0.36    15.9994   ; qtot -0.16<br />    15        CH1      1    ATP   AC4*      6       0.16     13.019   ; qtot 0<br />    16        CH1      1    ATP   AC2*  &
#160;   7       0.15     13.019   ; qtot 0.15<br />    17         OA      1    ATP   AO2*      7     -0.548    15.9994   ; qtot -0.398<br />    18          H      1    ATP   AH2*      7      0.398      1.008   ; qtot 0<br />    19        CH1      1    ATP   AC3*      8       0.15     13.019   ; qtot 0.15<br />    20     &#
160;   OA      1    ATP   AO3*      8     -0.548    15.9994   ; qtot -0.398<br />    21          H      1    ATP   AH3*      8      0.398      1.008   ; qtot 0<br />    22        CH2      1    ATP   AC5*      9          0     14.027   ; qtot 0<br />    23         OA      1    ATP   AO5*     10      -0.36 
60;  15.9994   ; qtot -0.36<br />    24          P      1    ATP    APA     10      0.705    30.9738   ; qtot 0.345<br />    25         OM      1    ATP   O1PA     10     -0.635    15.9994   ; qtot -0.29<br />    26         OM      1    ATP   O2PA     10     -0.635    15.9994   ; qtot -0.925<br />    27         OA      1    ATP   O3PA &#
160;   11      -0.36    15.9994   ; qtot -1.285<br />    28          P      1    ATP    APB     11      0.705    30.9738   ; qtot -0.58<br />    29         OM      1    ATP   O1PB     11     -0.635    15.9994   ; qtot -1.215<br />    30         OM      1    ATP   O2PB     11     -0.635    15.9994   ; qtot -1.85<br />    31         OA  &#
160;   1    ATP   O3PB     12      -0.36    15.9994   ; qtot -2.21<br />    32          P      1    ATP    APG     12       0.63    30.9738   ; qtot -1.58<br />    33         OM      1    ATP   O1PG     12     -0.635    15.9994   ; qtot -2.215<br />    34         OM      1    ATP   O2PG     12     -0.635    15.9994   ; qtot -2.85<br />   
; 35         OA      1    ATP   O3PG     12     -0.548    15.9994   ; qtot -3.398<br />    36          H      1    ATP   H3PG     12      0.398      1.008   ; qtot -3<br /><br />[ bonds ]<br />;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3<br />    1     2     2    gb_9<br />    1  
;  12     2    gb_9<br />    1    13     2    gb_21<br />    2     3     2    gb_11<br />    2    10     2    gb_15<br />    3     4     2    gb_6<br />    4     5     2    gb_6<br />    5     6     2    gb_11<br />    6     7     2    gb_8<br />    6    10     2    gb_15<br />    7     8     2    gb_2<br />    7 
;    9     2    gb_2<br />   10    11     2    gb_9<br />   11    12     2    gb_9<br />   13    14     2    gb_19<br />   13    16     2    gb_25<br />   14    15     2    gb_19<br />   15    19     2    gb_25<br />   15    22     2    gb_25<br />   16    17     2    gb_19<br />   16    19     2    gb_25<br />   17    18     2    gb_1<b
r />   19    20     2    gb_19<br />   20    21     2    gb_1<br />   22    23     2    gb_19<br />   23    24     2    gb_27<br />   24    25     2    gb_23<br />   24    26     2    gb_23<br />   24    27     2    gb_27<br />   27    28     2    gb_27<br />   28    29     2    gb_23<br />   28    30     2    gb_23<br />   28    31     2
0;   gb_27<br />   31    32     2    gb_27<br />   32    33     2    gb_23<br />   32    34     2    gb_23<br />   32    35     2    gb_27<br />   35    36     2    gb_1<br /><br />[ pairs ]<br />;  ai    aj funct            c0            c1            c2            c3<br />    1    15     1 <br />    1    17     1 <br />  
0; 1    19     1 <br />    2    14     1 <br />    2    16     1 <br />    5     8     1 <br />    5     9     1 <br />    7    11     1 <br />    8    10     1 <br />    9    10     1 <br />   12    14     1 <br />   12    16     1 <br />   13    18     1 <br />   13    20     1 <br />   13    22     1 <br />   14    17   
0; 1 <br />   14    20     1 <br />   14    23     1 <br />   15    17     1 <br />   15    21     1 <br />   15    24     1 <br />   16    21     1 <br />   16    22     1 <br />   17    20     1 <br />   18    19     1 <br />   19    23     1 <br />   20    22     1 <br />   22    25     1 <br />   22    26     1 <br />   22    27     1 <br />  
23    28     1 <br />   24    29     1 <br />   24    30     1 <br />   24    31     1 <br />   25    28     1 <br />   26    28     1 <br />   27    32     1 <br />   28    33     1 <br />   28    34     1 <br />   28    35     1 <br />   29    32     1 <br />   30    32     1 <br /><br />[ angles ]<br />;  ai    aj    ak funct            c0    
        c1            c2            c3<br />    2     1    12     2    ga_6<br />    2     1    13     2    ga_36<br />   12     1    13     2    ga_36<br />    1     2     3     2    ga_38<br />    1     2    10     2    ga_6<br />    3     2    10     2    ga_26<br />    2     3   
  4     2    ga_26<br />    3     4     5     2    ga_26<br />    4     5     6     2    ga_26<br />    5     6     7     2    ga_26<br />    5     6    10     2    ga_26<br />    7     6    10     2    ga_26<br />    6     7     8     2    ga_22<br />    6     7     9     2    ga_22<br />    8   &
#160; 7     9     2    ga_23<br />    2    10     6     2    ga_26<br />    2    10    11     2    ga_6<br />    6    10    11     2    ga_38<br />   10    11    12     2    ga_6<br />    1    12    11     2    ga_6<br />    1    13    14     2    ga_8<br />    1    13    16     2    ga_8<br />   14    13    16   
0; 2    ga_8<br />   13    14    15     2    ga_9<br />   14    15    19     2    ga_8<br />   14    15    22     2    ga_8<br />   19    15    22     2    ga_7<br />   13    16    17     2    ga_8<br />   13    16    19     2    ga_7<br />   17    16    19     2    ga_8<br />   16    17    18     2    ga_11<br />   15    19    16&#
160;    2    ga_7<br />   15    19    20     2    ga_8<br />   16    19    20     2    ga_8<br />   19    20    21     2    ga_11<br />   15    22    23     2    ga_8<br />   22    23    24     2    ga_25<br />   23    24    25     2    ga_13<br />   23    24    26     2    ga_13<br />   23    24    27     2    ga_4<br />   25    24
    26     2    ga_28<br />   25    24    27     2    ga_13<br />   26    24    27     2    ga_13<br />   24    27    28     2    ga_25<br />   27    28    29     2    ga_13<br />   27    28    30     2    ga_13<br />   27    28    31     2    ga_4<br />   29    28    30     2    ga_28<br />   29    28    31     2    ga_13<br /> 
60; 30    28    31     2    ga_13<br />   28    31    32     2    ga_25<br />   31    32    33     2    ga_13<br />   31    32    34     2    ga_13<br />   31    32    35     2    ga_4<br />   33    32    34     2    ga_28<br />   33    32    35     2    ga_13<br />   34    32    35     2    ga_13<br />   32    35    36     2  
  ga_11<br /><br />[ dihedrals ]<br />;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3            c4            c5<br />    2     1    13    14     1    gd_6<br />   10     6     7     8     1    gd_4<br />   16    13    14    15     1    gd_14<br />    1&#
160;   13    16    17     1    gd_7<br />   14    13    16    17     1    gd_8<br />   14    13    16    19     1    gd_17<br />   14    13    16    19     1    gd_7<br />   13    14    15    19     1    gd_14<br />   14    15    19    16     1    gd_7<br />   14    15    19    20     1    gd_8<br />   22    15    19  
0; 16     1    gd_17<br />   22    15    19    20     1    gd_7<br />   14    15    22    23     1    gd_8<br />   19    15    22    23     1    gd_17<br />   19    15    22    23     1    gd_7<br />   13    16    17    18     1    gd_12<br />   13    16    19    15     1    gd_17<br />   13    16    19    20     1    gd_7
<br />   17    16    19    15     1    gd_7<br />   17    16    19    20     1    gd_8<br />   15    19    20    21     1    gd_12<br />   15    22    23    24     1    gd_14<br />   22    23    24    27     1    gd_11<br />   22    23    24    27     1    gd_9<br />   23    24    27    28     1    gd_11<br />   23    24  
  27    28     1    gd_9<br />   24    27    28    31     1    gd_11<br />   24    27    28    31     1    gd_9<br />   27    28    31    32     1    gd_11<br />   27    28    31    32     1    gd_9<br />   28    31    32    35     1    gd_11<br />   28    31    32    35     1    gd_9<br />   31    32    35    36    
1    gd_11<br />   31    32    35    36     1    gd_9<br /><br />[ dihedrals ]<br />;  ai    aj    ak    al funct            c0            c1            c2            c3<br />    1    12    11    10     2    gi_1<br />    1     2    10    11     2    gi_1<br />    1    12     2    13     2    gi_1<br />  
60; 2     3     4     5     2    gi_1<br />    2    10     6     5     2    gi_1<br />    2     1     3    10     2    gi_1<br />    2    11     6    10     2    gi_1<br />    2     1    12    11     2    gi_1<br />    2    10    11    12     2    gi_1<br />    3     2    10     6     2  
  gi_1<br />    3     4     5     6     2    gi_1<br />    4     3     2    10     2    gi_1<br />    4     5     6    10     2    gi_1<br />    6     9     8     7     2    gi_1<br />    6    10     5     7     2    gi_1<br />   10     2     1    12     2    gi_1<br />   13     1    14   
; 16     2    gi_2<br />   13    19    17    16     2    gi_2<br />   15    14    22    19     2    gi_2<br />   15    20    16    19     2    gi_2<br /><br />; Include Position restraint file<br />#ifdef POSRES<br />#include "posre.itp"<br />#endif<br /><br />; Include water topology<br />#include "spc.itp"<br /><br />#ifdef POSRES_WATER<br />; Position restraint for each water oxygen<br />[ position_restraints ]<br />;  i funct       fcx        fcy        fcz<br />   1    1       1000  &
#160;    1000       1000<br />#endif<br /><br />; Include generic topology for ions<br />#include "ions.itp"<br /><br />[ system ]<br />; Name<br />Protein in water<br /><br />[ molecules ]<br />; Compound        #mols<br />Protein             1<br />SOL               871<br /><br /><br />--------------------------------<br /><br />