<div>Dear Gromacs users,</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>Could you please help me to find out what the problem is.<BR>I use command<BR></div>  <div>pdb2gmx -f C:\Soft\Gromacs\Input\formaldehyde.pdb -o outputName.gro -p outputName.top</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>formaldehyde.pdb looks like this:<BR></div>  <div>COMPND&nbsp;&nbsp;&nbsp; UNNAMED&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <BR>REMARK&nbsp;&nbsp; 1 PDB to MMOD atom-numbering translation table; the mmod numbers<BR>REMARK&nbsp;&nbsp; 1 pertain to the .dat file from which this file was created,<BR>REMARK&nbsp;&nbsp; 1 not to one created from this file:<BR>REMARK&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; PDB:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; <BR>REMARK&nbsp;&nbsp; 1 MMOD:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 /<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; C01 UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 0.302&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp; 0<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; O02 UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 1.510&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp; 0<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; H03 UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.960&nbsp; -0.262&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp; 0<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; H04 UNK&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.960&nbsp; -0.262&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 0.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp; 0<BR>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 4<BR>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>END</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>Gromacs output is</div>  <div>-------------------------------------------------------<BR>Program pdb2gmx, VERSION <BR>Source code file: C:\Program Files\Microsoft Visual Studio\MyProjects\pdb2gmx\pdb2gmx\resall.cpp, line: 493</div>  <div>Fatal error:<BR>Residue 'UNK' not found in residue topology database</div>  <div>-------------------------------------------------------</div>  <div>Thanx for Using GROMACS - Have a Nice Day</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>Thank you in advance</div>  <div>&nbsp;</div><p>&#32;
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