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P
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padding:0px
}
body
{
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}
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</head>
<body>
Dear gmx-users,<BR>
&nbsp;<BR>
<FONT face="Arial Black, Geneva, Arial, Sans-serif">I have 2 molecules in a box, as usual pdb2gmx saw them as one. i edited the .top file to remove the bonds created between the two molecules, I also added a distance restraint btw the molecules. (The 2 structures have been separately minimized). However, I get the ff message for EM run:</FONT><BR>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Stepsize too small, or no change in energy.<?xml:namespace prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Converged to machine precision,<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">but not to the requested precision Fmax &lt; 1000<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Double precision normally gives you higher accuracy.<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><o:p><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>&nbsp;</FONT></o:p></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Steepest Descents converged to machine precision in 15 steps,<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">but did not reach the requested Fmax &lt; 1000.<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Potential Energy<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp; </SPAN>1.0246325e+20<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT size=3><FONT color=#000000><FONT face="Times New Roman">Maximum force<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>inf on atom 1<o:p></o:p></FONT></FONT></FONT></P>
<P class=MsoNormal style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><FONT face="Times New Roman" color=#000000 size=3>Norm of force<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>=<SPAN style="mso-spacerun: yes">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </SPAN>inf</FONT></P>
I would appreciate any advice on how to fix this.<BR>
Rgds<BR>
John<BR><br /><hr />See what you’re getting into…before you go there <a href='http://newlivehotmail.com/?ocid=TXT_TAGHM_migration_HM_viral_preview_0507' target='_new'>See it!</a></body>
</html>