<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2900.2180" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hello Mark,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>tpbconv is also used&nbsp;to extend the simulation 
run time.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>try </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>a) tpbconv -h</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>or</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>b) tpbconv -s original.tpr -f original.trr -e 
original.edr. -o new.tpr -extend 750</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>you will get new.tpr file. Use this new.tpr file 
for the mdrun program for the continuation of your simulation till 
1.5ns</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Alok</FONT></DIV>
<BLOCKQUOTE 
style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">
  <DIV style="FONT: 10pt arial">----- Original Message ----- </DIV>
  <DIV 
  style="BACKGROUND: #e4e4e4; FONT: 10pt arial; font-color: black"><B>From:</B> 
  <A title=mzottola@gmail.com href="mailto:mzottola@gmail.com">Mark Zottola</A> 
  </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>To:</B> <A title=gmx-users@gromacs.org 
  href="mailto:gmx-users@gromacs.org">Discussion list for GROMACS users</A> 
  </DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Sent:</B> Sunday, August 19, 2007 11:17 
  PM</DIV>
  <DIV style="FONT: 10pt arial"><B>Subject:</B> Re: [gmx-users] Restart</DIV>
  <DIV><BR></DIV>
  <DIV>Dil,</DIV>
  <DIV>&nbsp;</DIV>
  <DIV>Thanks for the post.&nbsp; However, my original job was set for 750 ps 
  and&nbsp;ran successfully.&nbsp; Now, I would like to run an additional 750 
  ps.&nbsp; The tbpconv seems more for restarting after a crash or modifying the 
  original system.&nbsp; I only want to achieve a 1.5 ns simulation.&nbsp; So my 
  questions remain.</DIV>
  <DIV>&nbsp;</DIV>
  <DIV>Thanks,</DIV>
  <DIV>&nbsp;</DIV>
  <DIV>&nbsp;</DIV>
  <DIV>Mark<BR><BR>&nbsp;</DIV>
  <DIV><SPAN class=gmail_quote>On 8/19/07, <B class=gmail_sendername>Dilraj 
  Lama</B> &lt;<A href="mailto:dennis@iitk.ac.in">dennis@iitk.ac.in</A>&gt; 
  wrote:</SPAN> 
  <BLOCKQUOTE class=gmail_quote 
  style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid"><BR>&gt; 
    I know this will get an rtfm response, however, I am writing this 
    after<BR>&gt; looking at the online help pages and perusing the email 
    archive. <BR>&gt;<BR>&gt; Simply put, I have a 750 ps simulation that I want 
    to run for another 750<BR>&gt; ps.&nbsp;&nbsp;Is there a clear explanation 
    somewhere for how one should do this?<BR><BR>use tpbconv with -extend 
    option<BR><BR>&gt; Specifically, if I shut off the gen_vel option in my mdp 
    file and use the <BR>&gt; the "-t" option to specify my first trajectory 
    file are these the only<BR>&gt; changes necessary?&nbsp;&nbsp;If I keep all 
    other options identical will I get the<BR>&gt; 750<BR>&gt; ps continuation I 
    desire?<BR><BR>There is no need to change the mdp file.Have a look at the 
    tpbconv options.<BR>&gt;<BR>&gt; Thanks for the 
    help.<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt; Mark<BR>&gt; 
    _______________________________________________<BR>&gt; gmx-users mailing 
    list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <A 
    href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR>&gt; <A 
    href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>&gt; 
    Please search the archive at <A 
    href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</A> 
    before posting!<BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the 
    list. Use the<BR>&gt; www interface or send it to <A 
    href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.<BR>&gt; 
    Can't post? Read <A 
    href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</A><BR><BR><BR>--<BR>Dilraj 
    Lama,<BR>Graduate student, <BR>Bioinformatics and Biomolecular Simualtion 
    lab,<BR>Dept. of BSBE;IITK-kanpur,<BR>Uttar pradesh,India-208016.<BR><A 
    href="mailto:email:dennis@iitk.ac.in">email:dennis@iitk.ac.in</A>,<A 
    href="mailto:dilraj2002@yahoo.com"> 
    dilraj2002@yahoo.com</A><BR>mob:09415473973<BR><BR>_______________________________________________<BR>gmx-users 
    mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<A 
    href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR><A 
    href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please 
    search the archive at <A 
    href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</A> 
    before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use 
    the <BR>www interface or send it to <A 
    href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.<BR>Can't 
    post? Read <A 
    href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php 
    </A><BR></BLOCKQUOTE></DIV><BR>
  <P>
  <HR>

  <P></P>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing 
  list&nbsp;&nbsp;&nbsp; 
  gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please 
  search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>Please 
  don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or 
  send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>Can't post? Read 
  http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</BLOCKQUOTE></BODY></HTML>