Dear gmx-user, <br>Until yesterday, I believe in PRODRG server. <br>But when I inspect the result carefully, I found it does not make sense at all! <br>Of course, its because I did not modify the input and just thought all the process will be done automatically. 
<br><br>Anyhow, I also found that partial charge is not plausible even after I get the plausible structure by adding some options in it.<br>So, I tried amber&#39;s antechamber, and get .prepin file and the partial charge in it seems to be reasonable. 
<br><br>Then, I want to convert .prepin file into .itp file. <br>Is there a software doing that work? <br><br>Or, is gromacs has tool that generate topology parameters like antechamber in amber? <br><br>Thank you for reading. 
<br><br>-- <br>--------------------------------------------------<br>&#39;God used beautiful mathematics in creating the world.&#39;<br>-Paul Dirac <br>&#39;But he created too many objects.&#39;<br>-Seungpyo Hong <br><br>
Seungpyo Hong <br>Master student at PBIL(Protein BioInformatics Lab.) in KAIST, Daejeon Korea<br>Tel. (82)-18-372-2468<br><a href="mailto:sphong_@kaist.ac.kr">sphong_@kaist.ac.kr</a><br><a href="mailto:sp1020@gmail.com">sp1020@gmail.com
</a>