Sorry for late respond~ <br>I totally agree with you. <br>
Frankly, I don&#39;t have any idea about that kind of idea. <br>
I just help the guy to do what he want to do. <br>
Anyhow, as Mark said, I think some experiment is required to get a meaningful result. <br><br>First I warn you that this is not a good approach at all. <br>He want to simulate [EtNH3]+ [NO3]-. <br>I think that the structure of the is relatively simple and thus made their structure with WebMO(Gaussian). 
<br>Then to get the groamcs topology, I use PRODRG server. <br>The partial charge of them are corrected to same as Gaussian result. <br><br>Then I placed them in a lattice with a same interval. <br>And run MD simulation with only solvent.
<br>By doing this I can get a solvent coordinate in a box. <br><br>Using this solvent coordinate and topology, you can run MD. <br>But PRODRG does not give an accurate information and thus be careful. <br><br>Good luck <br>
<br><div><span class="gmail_quote">On 8/16/07, <b class="gmail_sendername">Sampo Karkola</b> &lt;<a href="mailto:sampo.karkola@helsinki.fi">sampo.karkola@helsinki.fi</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi,<br><br>nice to hear that someone else is also interested in doing MD in room<br>temperature ionic liquids. What kind of ions do you use? Bmim chlorides<br>perhaps, or do you have a larger counterion to bmim? Or a completely
<br>different cation? As Mark pointed out, if you do not have a properly<br>parameterised&nbsp;&nbsp;force field for ILs, the results probably are not<br>reliable, but I still would like to hear how did you define the<br>parameters and how the mdruns performed.
<br><br>Regards,<br><br>Sampo<br><br>______________________________<br>Sampo Karkola<br>Doctoral student<br><br>Laboratory of Organic Chemistry<br>Department of Chemistry<br>POBox 55, FIN-00014<br>University of Helsinki<br>
Finland<br><br>tel. +358 9 19150369<br>fax. +358 9 19150366<br><a href="mailto:sampo.karkola@helsinki.fi">sampo.karkola@helsinki.fi</a><br><br>SeungPyo Hong wrote:<br>&gt;<br>&gt; On 8/16/07, *Mark Abraham* &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">
Mark.Abraham@anu.edu.au</a><br>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Sampo Karkola wrote:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Dear all,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; I was wondering if there are any parameters defined for ionic<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; liquids?<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Some enzymes have retained their activity when the solvent has been a<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; mixture of water and ionic liquids and it would be interesting to
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; study<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; the actual catalytical reactions in such a solvent.<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I don&#39;t know how you can mix an ionic liquid and water and not get a<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; really hot aqueous solution that would smash an enzyme :-)
<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; I&#39;m not an expert on the ionic liquids field or in simulating<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; reactions,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; but ionic liquids have been used in eg. microwave-assisted synthesis<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; with promising results. If one wants to study the reactions that take
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; place in ionic liquids, with or without an enzyme catalysing it, are<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; there any well-known procedures to follow? Is Gromacs the correct<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; tool<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; for that? I&#39;m not going to study such reactions, at least not at the
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; moment, but I&#39;d just like to know how/if they can be done.<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; If you distort the solvent too far from pure water, the parameterization<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; process of these force fields will no longer be valid for studying the
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; systems you want. Parameterizing new force fields for these solvents is<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; probably not a worthwhile undertaking, and definitely not one to do<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; lightly.<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mark<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; _______________________________________________
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;<a href="http://www.gromacs.org/search">
http://www.gromacs.org/search</a>&gt; before posting!<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
</a><br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; What a coincidence!<br>&gt; A student in the biology major come to me he want to do simulation with<br>&gt; ionic liquid.<br>&gt; I have much doubt about that kind of simulation but becase he is eager
<br>&gt; to do it.<br>&gt; I try to make the solvent by placing the molecules in lattice and run MD<br>&gt; under pressure coupling.<br>&gt; Though I am also a beginner in this field, I am not sure of the<br>&gt; plausiblity of this method but it seems to be OK to me.
<br>&gt;<br>&gt; --<br>&gt; --------------------------------------------------<br>&gt; &#39;God used beautiful mathematics in creating the world.&#39;<br>&gt; -Paul Dirac<br>&gt; &#39;But he created too many object.&#39;<br>
&gt; -Seungpyo Hong<br>&gt;<br>&gt; Seungpyo Hong<br>&gt; Master student at PBIL(Protein BioInformatics Lab.) in KAIST, Daejeon Korea<br>&gt; Tel. (82)-18-372-2468<br>&gt; <a href="mailto:sphong_@kaist.ac.kr">sphong_@kaist.ac.kr
</a> &lt;mailto:<a href="mailto:sphong_@kaist.ac.kr">sphong_@kaist.ac.kr</a>&gt;<br>&gt; <a href="mailto:sp1020@gmail.com">sp1020@gmail.com</a> &lt;mailto:<a href="mailto:sp1020@gmail.com">sp1020@gmail.com</a>&gt;<br>&gt;
<br>&gt;<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">
http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">
http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>--------------------------------------------------
<br>&#39;God used beautiful mathematics in creating the world.&#39;<br>-Paul Dirac <br>&#39;But he created too many objects.&#39;<br>-Seungpyo Hong <br><br>Seungpyo Hong <br>Master student at PBIL(Protein BioInformatics Lab.) in KAIST, Daejeon Korea
<br>Tel. (82)-18-372-2468<br><a href="mailto:sphong_@kaist.ac.kr">sphong_@kaist.ac.kr</a><br><a href="mailto:sp1020@gmail.com">sp1020@gmail.com</a>