Hi<br><br>What I want to do is to calculate the RMSD of one binding pocket residue of my protein after fitting to the Ligand in my simulation.<br><br>I have tried the following using g_rms:<br><br><span style="font-weight: bold;">
selecting 12 LIG</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">groups to compare 2</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">selecting 12 LIG</span><br style="font-weight: bold;">
<span style="font-weight: bold;">selecting 16 resid162</span><br><br>But I don&#39;t know if this is the doing the correct thing, or if this is the correct way to do this.<br>Could anyone please advise?<br><br>Thanks<br>Jo
<br>