<div>Hi Mark,</div>  <div>Two months ago I send a mail to Gromacs user to leran how I generate the .itp file and Tsjerk told me that I should use pdb2gmx.So I used it!Could you tell me how can I prepare </div>  <div>.itp file,please?My time is running out and my supervisor wait for some results from me!!</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>Thanks very much!!!</div>  <div>Fulya </div>  <div>&nbsp;</div>  <div>&nbsp;</div>  <div>&gt;Hi Fulya,<BR><BR>&gt;If your ligand is a protein, then use pdb2gmx!<BR>&gt;There's nothing special with 'being a ligand', and it's certainly not<BR>required to run it through PRODRG, because someone decided that part<BR>was to be called ligand, whereas the other part was not.<BR><BR>Tsjerk<BR><BR>On 7/3/07, fulya caglar &lt;fulyacaglar@yahoo.com&gt; wrote:<BR>&gt; Hi&nbsp; all !<BR>&gt; We want to MD simulation of a protein-protein complex.We can't<BR> prepare itp.<BR>&gt; and gro files with PRODRG server.Because there are too many atoms in<BR>
 my<BR>&gt; ligand (which is a protein). How can we prepare the .itp and .gro<BR> files?Are<BR>&gt; there any tutorial for a protein protein complex?<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt; Best Regard<BR>&gt;&nbsp; Fulya<BR>&gt;<BR><BR><BR><B><I>Mark Abraham &lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;</I></B> wrote:</div>  <BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid">_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list gmx-users@gromacs.org<BR>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR></BLOCKQUOTE><BR><p>&#32;
      <hr size=1>Shape Yahoo! in your own image.  
<a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=48517/*http://surveylink.yahoo.com/gmrs/yahoo_panel_invite.asp?a=7">Join our Network Research Panel today!</a>