Hi<br><br>The protein in my simulations has two distinct domains and some interdomain motion is seen on the simualtion timescale. I was wanting to define a helix in domain 1 and one in domain 2 and track their movement relative to each other. For this I was going to use g_bundle. I have tried this but I am doing something wrong as I get the error:
<br>Fatal error: The size of one of your index groups is not a multiple of n<br>I have defined the groups in my index file: <br>helix 1<br>helix 2 <br>and after entering:<br>g_bundle -s md1.tpr -f protein.xtc -n index.ndx
 -tu ns&nbsp; (I have also tried with -na 2)<br>I use these groups as input to the program and then get the error.<br>I think I may have misunderstood the documentation, can someone please suggest how to perform this analysis correctly?!
<br><br>Thanks<br>Jo<br>