Dear gmx-users,<br><br>I want to study the behavior of a certain water molecule near the active site. <br>I can convert .xtc file into pdb file, but the file becomes too large when I include all the water molecule in it. <br>
Maybe I can incooperate only a small portion of water molecule. <br>But is there anyother way to extract coordinate from the .xtc file directly?<br><br>This is the procedure what I want to do: <br>1. extract coordinates of a frame. 
<br>2. analyze it. (Find a water molecule of interest and ...)<br>3. extract coordinates of the next step. <br>4. goto 2. until finish <br><br>-- <br>--------------------------------------------------<br>&#39;God used beautiful mathematics in creating the world.&#39;
<br>-Paul Dirac <br>&#39;But he created too many objects.&#39;<br>-Seungpyo Hong <br><br>Seungpyo Hong <br>Master student at PBIL(Protein BioInformatics Lab.) in KAIST, Daejeon Korea<br>Tel. (82)-18-372-2468<br><a href="mailto:sphong_@kaist.ac.kr">
sphong_@kaist.ac.kr</a><br><a href="mailto:sp1020@gmail.com">sp1020@gmail.com</a>