Dear David,<br>If it is fine, then how can I compare the result with ab inito&#39;s? Thanks.<br><br><div><span class="gmail_quote">On 9/5/07, <b class="gmail_sendername">David van der Spoel</b> &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">

spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">uki zhu wrote:<br>&gt; Hi, gmx-users,<br>&gt; These days I am trying to do some systems about carbon tubes. And I

<br>&gt; found Total Energy of the system is positive&nbsp;&nbsp;whether Energy<br>&gt; Minimization or MD. The amount of Total Energy is about&nbsp;&nbsp;E03.<br>&gt;<br>&gt; For example,<br>&gt; &quot;&quot;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lambda

<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;5.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.00000<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Energies (kJ/mol)<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Morse&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G96Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Proper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.92521e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;9.76865e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;6.24199e+03

&nbsp;&nbsp; -1.72019e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.00000e+00<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Temperature Pressure (bar)<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.09119e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;3.32193e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;9.41312e+03&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;3.02677e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;8.29506e-02<br>&gt; &quot;&quot;<br>

&gt; in a log file. &gt; &gt; Is anyone who can help me to solve this problem? &gt; &gt; Thanks very much. &gt; this is not a problem. it is fine. -- David van der Spoel, Ph.D. Molec. Biophys. group, Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.

<br>Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:&nbsp;&nbsp;+46184714205. Fax: +4618511755.<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">

http://folding.bmc.uu.se</a><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">

http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the

<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php

</a><br></blockquote></div><br>