Hi there,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I met the problem when I ran &quot;grompp&quot;, the errors are:<br>
ERROR 1 [file &quot;po4lig4tip3.top&quot;, line 26741]:<br>

&nbsp; virtual site H21 (Res LG4-173) has non-zero mass 1.008<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Check your topology.<br>

&nbsp;<br>

ERROR 2 [file &quot;po4lig4tip3.top&quot;, line 26741]:<br>

&nbsp; virtual site H22 (Res LG4-173) has non-zero mass 1.008<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Check your topology.<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Then I checked my topology file, here
were the definition of LG4-173 H21 and H22: ( I want to convert the
dummy atoms to H atoms)<br>
&nbsp;&nbsp; ;nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
type&nbsp;&nbsp;&nbsp; resnr&nbsp;&nbsp; residue atom&nbsp;&nbsp;&nbsp;
cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;
mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
type_B&nbsp; charge_B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
mass_B&nbsp;<br>
21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
opls_999&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LG4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.0000&nbsp; 1.00800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
opls_172&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4650&nbsp; 1.00800<br>
22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
opls_999&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LG4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
H22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.0000&nbsp; 1.00800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
opls_172&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4650&nbsp; 1.00800<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; in which opls_999 was from what I defined by myself in the force field itp file:<br>
opls_999&nbsp;&nbsp; DUM&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;
V&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000000&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>
<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I changed the both of the mass_A to 0.00000, but that didn&#39;t help.&nbsp;  <br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Does anyone have ideas on that?<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thank you very much.<br>
<br>
Regards,<br>
Qin<br>