Hi Yang,<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I was thinking to set mass_B to 0 but what I
was supposed to do is converting dummy atoms to H atoms. In my opinion,
it wouldn&#39;t be H atoms if I set the mass to 0. Am I thinking wrong?<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thank you.<br>
<br>
Regards,<br>
Qin<br><br><div><span class="gmail_quote">On 9/11/07, <b class="gmail_sendername">Yang Ye</b> &lt;<a href="mailto:leafyoung@yahoo.com">leafyoung@yahoo.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
you have set the mass_B to 0 as well.<br><br>On 9/11/2007 10:54 PM, Wang Qin wrote:<br>&gt; Hi there,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;I met the problem when I ran &quot;grompp&quot;, the errors are:<br>&gt; ERROR 1 [file &quot;po4lig4tip3.top
&quot;, line 26741]:<br>&gt;&nbsp;&nbsp; virtual site H21 (Res LG4-173) has non-zero mass 1.008<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Check your topology.<br>&gt;<br>&gt; ERROR 2 [file &quot;po4lig4tip3.top&quot;, line 26741]:<br>&gt;&nbsp;&nbsp; virtual site H22 (Res LG4-173) has non-zero mass 
1.008<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Check your topology.<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Then I checked my topology file, here were the definition of<br>&gt; LG4-173 H21 and H22: ( I want to convert the dummy atoms to H atoms)<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;;nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;resnr&nbsp;&nbsp;
residue atom&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;charge<br>&gt;
mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;type_B&nbsp;&nbsp;charge_B&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mass_B<br>&gt;
21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;opls_999&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
LG4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0000<br>&gt;
1.00800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
opls_172&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.4650&nbsp;&nbsp;1.00800<br>&gt;
22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;opls_999&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
LG4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.0000<br>&gt;
1.00800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
opls_172&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.4650&nbsp;&nbsp;1.00800<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;in which opls_999 was from what I defined by myself in the<br>&gt; force field itp file:<br>&gt;
opls_999&nbsp;&nbsp; DUM&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
1.008000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;V&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.000000&nbsp;&nbsp; 0.000000<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I changed the both of the mass_A to 0.00000, but that didn&#39;t help.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Does anyone have ideas on that?<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Thank you very much.<br>&gt;<br>&gt; Regards,<br>
&gt; Qin<br>&gt; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">
gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">
http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>.<br>&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
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http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
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