<FONT face="Default Sans Serif,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif" size=2><P style="MARGIN: 0px">Hello All,<BR><FONT size=2>The program was stopped twice with the following error:</FONT><BR><BR><FONT size=2>&nbsp; &nbsp;</FONT><BR><FONT size=2>Constraint error in algorithm Lincs at step 54646</FONT><BR><BR><FONT size=2>t = 109.292 ps: Water molecule starting at atom 13293 can not be settled.</FONT><BR><FONT size=2>Check for bad contacts and/or reduce the timestep.Wrote pdb files with previous and current coordinates</FONT><BR><FONT size=2>Grid: -2147483648 x -2147483648 x -2147483648 cells</FONT><BR><FONT size=2>-------------------------------------------------------</FONT><BR><FONT size=2>Program mdrun_mpi, VERSION 3.3.1</FONT><BR><FONT size=2>Source code file: nsgrid.c, line: 220</FONT><BR><BR><FONT size=2>Fatal error:</FONT><BR><FONT size=2>Number of grid cells is zero. Probably the system and box collapsed.</FONT><BR><BR><FONT size=2>-----</FONT><BR><FONT size=2>I have searched gmx online but could not find any clue! Can anybody help me?</FONT><BR><BR><FONT size=2>The system has two protein molecule, a drug, ligand glycine, and water. I have done</FONT><BR><FONT size=2>sd, cg, pr, &amp; sa before md! One thing that i could note that the cg stopped in 385 steps though the emtol was set 500, but nsteps 10000 !</FONT><BR><BR><FONT size=2>The unit cell has: ~ 106000 atoms and here is the .mdp file</FONT><BR><BR><BR><FONT size=2>cpp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= cpp</FONT><BR><FONT size=2>include &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= -I../top</FONT><BR><FONT size=2>define &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =</FONT><BR><FONT size=2>integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = md</FONT><BR><FONT size=2>dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.002</FONT><BR><FONT size=2>nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 50000000</FONT><BR><FONT size=2>nstxout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 5000</FONT><BR><FONT size=2>nstvout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 5000</FONT><BR><FONT size=2>nstlog &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 5000</FONT><BR><FONT size=2>nstenergy &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 500</FONT><BR><FONT size=2>nstxtcout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 250</FONT><BR><FONT size=2>xtc_grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Protein</FONT><BR><FONT size=2>energygrps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Protein &nbsp;SOL DRG Cl</FONT><BR><FONT size=2>nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 10</FONT><BR><FONT size=2>ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= grid</FONT><BR><FONT size=2>rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.8</FONT><BR><FONT size=2>coulombtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= cut-off</FONT><BR><FONT size=2>rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1.4</FONT><BR><FONT size=2>rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.8</FONT><BR><FONT size=2>tcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Berendsen</FONT><BR><FONT size=2>tc-grps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= Protein SOL DRG Cl</FONT><BR><FONT size=2>tau_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.1 0.1 0.1 0.1</FONT><BR><FONT size=2>ref_t &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 300 300 300 0.1</FONT><BR><FONT size=2>Pcoupl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = Berendsen</FONT><BR><FONT size=2>tau_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1.0</FONT><BR><FONT size=2>compressibility &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 4.5e-5</FONT><BR><FONT size=2>ref_p &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1.0</FONT><BR><FONT size=2>gen_vel &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= yes</FONT><BR><FONT size=2>gen_temp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 300</FONT><BR><FONT size=2>gen_seed &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 173529</FONT><BR><FONT size=2>constraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= all-bonds</FONT><BR><FONT size=2>--------------------------</FONT><BR><BR><FONT size=2>Many thanks in advance!</FONT><BR><BR><BR><FONT size=2>Kind Regards,</FONT><BR><FONT size=2>Blaise</FONT> <BR></P></FONT>