<br>
hello users,<br>
<br>
i am using gromacs 3.3 version on unix platform<br>
i got these error while running MD simulation of 89 aa in spc216 water
for 10ns at step 4088373 time 8176.55 .i had used force field
4a1(official distribution)<br>
hear I&#39;m sending&nbsp; .mdp file also<br>
error which i got is <br>
<span style="font-family: monospace;"><br>
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
</span>step 4088520, will finish at Sat Sep 22 06:22:35 2007<br>
<br>
Step 4088530, time 8177.06 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>
relative constraint deviation after LINCS:<br>
max 17.051964 (between atoms 615 and 616) rms 0.709711<br>
bonds that rotated more than 30 degrees:<br>
&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 613&nbsp;&nbsp;&nbsp; 614&nbsp;&nbsp;
35.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1233&nbsp;&nbsp;
0.1232&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 613&nbsp;&nbsp;&nbsp; 615&nbsp;&nbsp;
35.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1332&nbsp;&nbsp;
0.1352&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 615&nbsp;&nbsp;&nbsp; 616&nbsp;&nbsp;
90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0997&nbsp;&nbsp;
1.8052&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 615&nbsp;&nbsp;&nbsp; 617&nbsp;&nbsp;
90.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1322&nbsp;&nbsp;
1.3965&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>
step 4088530, will finish at Sat Sep 22 06:22:35 2007Warning: 1-4 interaction at<br>
&nbsp;distance larger than 1<br>
These are ignored for the rest of the simulation<br>
turn on -debug for more information<br>
<br>
Step 4088531, time 8177.06 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>
relative constraint deviation after LINCS:<br>
max 1.625723 (between atoms 615 and 617) rms 0.062578<br>
bonds that rotated more than 30 degrees:<br>
&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 612&nbsp;&nbsp;&nbsp; 613&nbsp;&nbsp;
46.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1548&nbsp;&nbsp;
0.1344&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 613&nbsp;&nbsp;&nbsp; 614&nbsp;&nbsp;
37.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1232&nbsp;&nbsp;
0.1816&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 613&nbsp;&nbsp;&nbsp; 615&nbsp;&nbsp;
89.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1352&nbsp;&nbsp;
0.2216&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 615&nbsp;&nbsp;&nbsp; 616&nbsp;&nbsp;
76.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.8052&nbsp;&nbsp;
0.1476&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 615&nbsp;&nbsp;&nbsp; 617&nbsp;&nbsp;
89.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.3965&nbsp;&nbsp;
0.2626&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>
<br>
Step 4088532, time 8177.06 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>
relative constraint deviation after LINCS:<br>
max 14.399930 (between atoms 615 and 616) rms 0.598937<br>
bonds that rotated more than 30 degrees:<br>
&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 611&nbsp;&nbsp;&nbsp; 612&nbsp;&nbsp;
44.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1693&nbsp;&nbsp;
0.1761&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 612&nbsp;&nbsp;&nbsp; 613&nbsp;&nbsp;
35.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1344&nbsp;&nbsp;
0.1669&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 613&nbsp;&nbsp;&nbsp; 614&nbsp;&nbsp;
95.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1816&nbsp;&nbsp;
0.1308&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 615&nbsp;&nbsp;&nbsp; 616&nbsp;&nbsp;
90.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1476&nbsp;&nbsp;
1.5400&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 615&nbsp;&nbsp;&nbsp; 617&nbsp;&nbsp;
90.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2626&nbsp;&nbsp;
1.1927&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>
<br>
Step 4088533, time 8177.07 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>
relative constraint deviation after LINCS:<br>
max 1.051080 (between atoms 615 and 617) rms 0.046065<br>
bonds that rotated more than 30 degrees:<br>
&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 609&nbsp;&nbsp;&nbsp; 611&nbsp;&nbsp;
44.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1529&nbsp;&nbsp;
0.1910&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 611&nbsp;&nbsp;&nbsp; 612&nbsp;&nbsp;
39.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1761&nbsp;&nbsp;
0.1800&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 611&nbsp;&nbsp;&nbsp; 618&nbsp;&nbsp;
41.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1579&nbsp;&nbsp;
0.1736&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 612&nbsp;&nbsp;&nbsp; 613&nbsp;
105.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1669&nbsp;&nbsp;
0.2124&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 613&nbsp;&nbsp;&nbsp; 614&nbsp;
123.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1308&nbsp;&nbsp;
0.1181&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 613&nbsp;&nbsp;&nbsp; 615&nbsp;&nbsp;
34.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1178&nbsp;&nbsp;
0.2224&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 615&nbsp;&nbsp;&nbsp; 616&nbsp;&nbsp;
74.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.5400&nbsp;&nbsp;
0.1253&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 615&nbsp;&nbsp;&nbsp; 617&nbsp;&nbsp;
80.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.1927&nbsp;&nbsp;
0.2051&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>
<br>
Step 4088534, time 8177.07 (ps)&nbsp; LINCS WARNING<br>
relative constraint deviation after LINCS:<br>
max 45040.144531 (between atoms 613 and 614) rms 1994.670654<br>
bonds that rotated more than 30 degrees:<br>
&nbsp;atom 1 atom 2&nbsp; angle&nbsp; previous, current, constraint length<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 582&nbsp;&nbsp;&nbsp; 584&nbsp;&nbsp;
41.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470&nbsp;&nbsp;
0.2116&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 584&nbsp;&nbsp;&nbsp; 585&nbsp;&nbsp;
41.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530&nbsp;&nbsp;
0.2102&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 584&nbsp;&nbsp;&nbsp; 586&nbsp;&nbsp;
69.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530&nbsp;&nbsp;
8.3830&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 586&nbsp;&nbsp;&nbsp; 587&nbsp;&nbsp;
59.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230&nbsp;&nbsp;
8.3382&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 586&nbsp;&nbsp;&nbsp; 588&nbsp;&nbsp;
78.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1331&nbsp;
28.5889&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 588&nbsp;&nbsp;&nbsp; 589&nbsp;&nbsp;
75.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1001&nbsp;
27.4635&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 588&nbsp;&nbsp;&nbsp; 590&nbsp;&nbsp;
80.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1471 156.4029&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.1470<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 590&nbsp;&nbsp;&nbsp; 591&nbsp;&nbsp;
82.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1531 156.2125&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.1530<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 590&nbsp;&nbsp;&nbsp; 607&nbsp;&nbsp;
84.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1537 272.5951&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.1530<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 591&nbsp;&nbsp;&nbsp; 592&nbsp;&nbsp;
78.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1531&nbsp;
23.8232&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 592&nbsp;&nbsp;&nbsp; 593&nbsp;&nbsp;
55.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330&nbsp;&nbsp;
6.7518&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 592&nbsp;&nbsp;&nbsp; 595&nbsp;&nbsp;
55.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390&nbsp;&nbsp;
6.7401&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 593&nbsp;&nbsp;&nbsp; 594&nbsp;&nbsp;
41.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090&nbsp;&nbsp;
0.1595&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1090<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 593&nbsp;&nbsp;&nbsp; 596&nbsp;&nbsp;
45.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330&nbsp;&nbsp;
0.1971&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 595&nbsp;&nbsp;&nbsp; 598&nbsp;&nbsp;
37.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390&nbsp;&nbsp;
0.1911&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 595&nbsp;&nbsp;&nbsp; 599&nbsp;&nbsp;
34.4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390&nbsp;&nbsp;
0.1923&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1390<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 607&nbsp;&nbsp;&nbsp; 608&nbsp;&nbsp;
85.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1235 322.3230&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.1230<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 607&nbsp;&nbsp;&nbsp; 609&nbsp;&nbsp;
90.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1334 722.2238&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.1330<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 609&nbsp;&nbsp;&nbsp; 610&nbsp;&nbsp;
87.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1001 730.5731&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 609&nbsp;&nbsp;&nbsp; 611&nbsp;&nbsp;
91.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1910 2220.5916&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.1470<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 611&nbsp;&nbsp;&nbsp; 612&nbsp; 113.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1800 1928.0201&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 611&nbsp;&nbsp;&nbsp; 618&nbsp;&nbsp;
61.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1736 2612.3730&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.1530<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 612&nbsp;&nbsp;&nbsp; 613&nbsp; 152.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2124 2170.9067&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 613&nbsp;&nbsp;&nbsp; 614&nbsp;&nbsp;
95.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1181 5540.0610&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.1230<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 613&nbsp;&nbsp;&nbsp; 615&nbsp; 100.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2224 1264.8948&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 615&nbsp;&nbsp;&nbsp; 616&nbsp;&nbsp;
88.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1253 729.0342&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 615&nbsp;&nbsp;&nbsp; 617&nbsp;&nbsp;
69.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2051 610.1647&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 618&nbsp;&nbsp;&nbsp; 619&nbsp;&nbsp;
96.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1365 1772.1053&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.1230<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 618&nbsp;&nbsp;&nbsp; 620&nbsp; 101.8&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1456 1954.0292&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 620&nbsp;&nbsp;&nbsp; 621&nbsp;&nbsp;
97.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1014 161.6277&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 620&nbsp;&nbsp;&nbsp; 622&nbsp;&nbsp;
44.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1484 387.2649&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
0.1470<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 622&nbsp;&nbsp;&nbsp; 623&nbsp; 119.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1536 271.5126&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 622&nbsp;&nbsp;&nbsp; 628&nbsp; 110.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1536 303.3078&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 623&nbsp;&nbsp;&nbsp; 624&nbsp;&nbsp;
65.6&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1531&nbsp;
51.2406&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 624&nbsp;&nbsp;&nbsp; 625&nbsp;
113.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530&nbsp;
26.6845&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 625&nbsp;&nbsp;&nbsp; 626&nbsp;&nbsp;
32.7&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1250&nbsp;&nbsp;
0.1557&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1250<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 625&nbsp;&nbsp;&nbsp; 627&nbsp;&nbsp;
34.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1250&nbsp;&nbsp;
0.1577&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1250<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 628&nbsp;&nbsp;&nbsp; 629&nbsp;&nbsp;
78.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1232&nbsp;
35.4732&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1230<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 628&nbsp;&nbsp;&nbsp; 630&nbsp;
106.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1331&nbsp;
32.5768&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1330<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 630&nbsp;&nbsp;&nbsp; 631&nbsp;
111.3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000&nbsp;
10.4951&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1000<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 630&nbsp;&nbsp;&nbsp; 632&nbsp;
136.9&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1471&nbsp;
10.4534&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1470<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 632&nbsp;&nbsp;&nbsp; 633&nbsp;&nbsp;
34.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530&nbsp;&nbsp;
0.1991&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 632&nbsp;&nbsp;&nbsp; 637&nbsp;&nbsp;
34.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530&nbsp;&nbsp;
0.2035&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1530<br>
Fatal error: Determinant = 25363147356027562275897344.000000<br>
--------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
hear it is telling that bonds&nbsp; are rotating more than 30 degrees
and showing LINCS error&nbsp; with respect to the relative constraint
deviation and <br>
in some cases atom -1, atom-2 current value is much high compare to
previous and determinent is also too high .is i need to keep any bond
constriants? ,what is the reason for these error<br>
what changes should i do in my .mdp file so that i can over come these problems<br>
<br>
Hear my .mdp file<br>
-----------------------<br>
;<br>
;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; User spoel (236)<br>
;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Wed Nov&nbsp; 3 17:12:44 1993<br>
;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Input file<br>
;<br>
title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Yo<br>
cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /lib/cpp<br>
constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; all-bonds<br>
;define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DPOSRES -DPOSRES_WATER<br>
integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; md<br>
comm_mode&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Angular<br>
dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
=&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ps !<br>
nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 5000000&nbsp; ; total 10000 ps.<br>
nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<br>
nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 500<br>
nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 500<br>
nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 500<br>
nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 500<br>
nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 500<br>
nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br>
ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<br>
rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<br>
rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<br>
rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<br>
; Berendsen temperature coupling is on in two groups<br>
Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; berendsen<br>
tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp; SOL&nbsp;&nbsp; NA+<br>
tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;
&nbsp;&nbsp; &nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp; 0.1<br>
ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;
300&nbsp;&nbsp; 300<br>
; Energy monitoring<br>
energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Protein<br>
; Isotropic pressure coupling is now on<br>
Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = no<br>
Pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic<br>
tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.5<br>
compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4.5e-5<br>
ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br>
; Generate velocites is off at 300 K.<br>
gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br>
gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 300.0<br>
gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 173529<br>
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regards <br>
vijay kumar<br>
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