<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:st1="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=us-ascii">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 11 (filtered medium)">
<!--[if !mso]>
<style>
v\:* {behavior:url(#default#VML);}
o\:* {behavior:url(#default#VML);}
w\:* {behavior:url(#default#VML);}
.shape {behavior:url(#default#VML);}
</style>
<![endif]--><o:SmartTagType
 namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" name="country-region"/>
<o:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags"
 name="City"/>
<o:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags"
 name="PlaceName"/>
<o:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags"
 name="PlaceType"/>
<o:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags"
 name="place"/>
<!--[if !mso]>
<style>
st1\:*{behavior:url(#default#ieooui) }
</style>
<![endif]-->
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0mm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";
        color:black;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {color:purple;
        text-decoration:underline;}
pre
        {margin:0mm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:10.0pt;
        font-family:"Courier New";
        color:black;}
span.EmailStyle18
        {mso-style-type:personal;
        font-family:Arial;
        color:windowtext;
        font-weight:normal;
        font-style:normal;
        text-decoration:none none;}
span.EmailStyle19
        {mso-style-type:personal;
        font-family:Arial;
        color:windowtext;
        font-weight:normal;
        font-style:normal;
        text-decoration:none none;}
span.EmailStyle20
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:Arial;
        color:windowtext;
        font-weight:normal;
        font-style:normal;
        text-decoration:none none;}
@page Section1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 90.0pt 72.0pt 90.0pt;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>
<!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>

<body bgcolor=white lang=EN-US link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial;color:windowtext'>Ah ok now I get it.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial;color:windowtext'>Thanks Ran, Thanks Vasilii.<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial;color:windowtext'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial;color:windowtext'>-Shay<o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'><font size=3
color=black face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;color:windowtext'>

<hr size=2 width="100%" align=center tabindex=-1>

</span></font></div>

<p class=MsoNormal><b><font size=2 color=black face=Tahoma><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:windowtext;font-weight:bold'>From:</span></font></b><font
size=2 color=black face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;
color:windowtext'> gmx-users-bounces@gromacs.org
[mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org] <b><span style='font-weight:bold'>On
Behalf Of </span></b>Ran Friedman<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Sent:</span></b> Tuesday, September 18, 2007
15:35<br>
<b><span style='font-weight:bold'>To:</span></b> Discussion list for GROMACS
users<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Subject:</span></b> Re: [gmx-users] Troubles
with genbox and random insertion</span></font><font color=black><span
style='color:windowtext'><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt'>If I understood you correctly, you wanted to have
different random orientations of the molecules around your protein. To get N
different orientations, you should run genbox N times with N different seeds.<br>
<br>
Ran.<br>
<br>
Shay Amram wrote: <o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial;color:windowtext'><u1:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" name="country-region"><u1:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" name="City"><u1:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" name="PlaceName"><u1:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" name="PlaceType"><u1:SmartTagType namespaceuri="urn:schemas-microsoft-com:office:smarttags" name="place"><!--[if gte mso 9]><xml>
      <u1:shapedefaults u2:ext="edit" spidmax="1026"/>
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
      <u1:shapelayout u3:ext="edit">
       <u1:idmap u3:ext="edit" data="1"/>
      </u1:shapelayout>
</xml><![endif]--></u1:SmartTagType></u1:SmartTagType></u1:SmartTagType></u1:SmartTagType></u1:SmartTagType>Greetings
Ran,<u1:p></u1:p></span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial;color:windowtext'>I tried to add the &#8211;seed flag
as you said, at the end of each genbox (with different various numbers), and it
doesn&#8217;t help.<u1:p></u1:p></span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial'>(ran the following command:)<u1:p></u1:p></span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><b><i><font size=1 color=black face=Arial><span
style='font-size:8.0pt;font-family:Arial;font-weight:bold;font-style:italic'>genbox
-cp cent_tim.gro -ci plm.gro -nmol 4 -o 1PLM_tim.gro<u4:p></u4:p> &#8211;seed 4<u1:p></u1:p></span></font></i></b><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt'><u1:p>&nbsp;</u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt'>Each time I change the number after
&#8220;-seed&#8221; I get a different GRO file,<u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt'>But no matter how many time I run genbox with the same
number after &#8220;-seed&#8221; I always get the same GRO file in the end.<u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt'><u1:p>&nbsp;</u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt'>Is it possible that there&#8217;s something wrong in
the system settings? Something that has to do with the way genbox chooses
random numbers?<u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt'><u1:p>&nbsp;</u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt'>Thanks,<u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt'>-Shay<u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial;color:windowtext'><u1:p>&nbsp;</u1:p></span></font><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial;color:windowtext'><u1:p>&nbsp;</u1:p></span></font><o:p></o:p></p>

<div>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'><font size=3
color=black face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt;color:windowtext'>

<hr size=2 width="100%" align=center tabindex=-1>

</span></font></div>

<p class=MsoNormal><b><font size=2 color=black face=Tahoma><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;color:windowtext;font-weight:bold'>From:</span></font></b><font
size=2 color=black face=Tahoma><span style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;
color:windowtext'> <a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org">gmx-users-bounces@gromacs.org</a>
[<a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org">mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org</a>]
<b><span style='font-weight:bold'>On Behalf Of </span></b>Ran Friedman<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Sent:</span></b> Tuesday, September 18, 2007
14:40<br>
<b><span style='font-weight:bold'>To:</span></b> Discussion list for GROMACS
users<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Subject:</span></b> Re: [gmx-users] Troubles
with genbox and random insertion</span></font><o:p></o:p></p>

</div>

<u1:p></u1:p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt'><u1:p>&nbsp;</u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt'>Dear Shay,<br>
<br>
Use the -seed flag<br>
<br>
Ran.<br>
<br>
Shay Amram wrote: <u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial'>Dear Gromacs users<u4:p></u4:p></span></font><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial'><u4:p>&nbsp;</u4:p></span></font><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial'>I&#8217;m having a bit of a trouble with genbox: I
want to insert 4 PLM (palmitate) molecules at random positions in my
simulation. <u4:p></u4:p></span></font><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial'>So I tried running:<u4:p></u4:p></span></font><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><b><i><font size=2 color=black face=Arial><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Arial;font-weight:bold;font-style:italic'>genbox
-cp cent_tim.gro -ci plm.gro -nmol 4 -o 4PLM_tim.gro -seed 100<u4:p></u4:p></span></font></i></b><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><b><i><font size=2 color=black face=Arial><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Arial;font-weight:bold;font-style:italic'>pdb2gmx
-f 4PLM_tim.gro -o 4PLM_tim.gro -p &#8211;ter<u4:p></u4:p></span></font></i></b><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><b><i><font size=2 color=black face=Arial><span
style='font-size:10.0pt;font-family:Arial;font-weight:bold;font-style:italic'><u4:p>&nbsp;</u4:p></span></font></i></b><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial'>I got a GRO file and indeed there were 4 PLM
molecules. <u4:p></u4:p></span></font><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><u><font size=3 color=black face=Arial><span
style='font-size:12.0pt;font-family:Arial'>When I ran the same script again, I
got the <b><span style='font-weight:bold'>exact</span></b> same GRO file.</span></font></u><font
face=Arial><span style='font-family:Arial'> Meaning, the positioning of the PLM
molecules wasn&#8217;t truly random.<u4:p></u4:p></span></font><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial'><u4:p>&nbsp;</u4:p></span></font><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial'>After reading the Description on <u4:p></u4:p></span></font><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial'><a
href="http://www.gromacs.org/documentation/reference/online/genbox.html">http://www.gromacs.org/documentation/reference/online/genbox.html</a><u4:p></u4:p></span></font><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial'>I saw that the &#8211;ci flag supposedly works only
if I insert one molecule.<u4:p></u4:p></span></font><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial'><u4:p>&nbsp;</u4:p></span></font><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial'>So I tried a different approach &#8211; to add a
single PLM four times like so:<u4:p></u4:p></span></font><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><b><i><font size=1 color=black face=Arial><span
style='font-size:8.0pt;font-family:Arial;font-weight:bold;font-style:italic'>#
Palmitate No.1<u4:p></u4:p></span></font></i></b><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><b><i><font size=1 color=black face=Arial><span
style='font-size:8.0pt;font-family:Arial;font-weight:bold;font-style:italic'>genbox
-cp cent_tim.gro -ci plm.gro -nmol 4 -o 1PLM_tim.gro<u4:p></u4:p></span></font></i></b><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><b><i><font size=1 color=black face=Arial><span
style='font-size:8.0pt;font-family:Arial;font-weight:bold;font-style:italic'>pdb2gmx
-f 1PLM_tim.gro -o 1PLM_tim.gro -p -ter<u4:p></u4:p></span></font></i></b><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><b><i><font size=1 color=black face=Arial><span
style='font-size:8.0pt;font-family:Arial;font-weight:bold;font-style:italic'><u4:p>&nbsp;</u4:p></span></font></i></b><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><b><i><font size=1 color=black face=Arial><span
style='font-size:8.0pt;font-family:Arial;font-weight:bold;font-style:italic'>#
Palmitate No.2<u4:p></u4:p></span></font></i></b><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><b><i><font size=1 color=black face=Arial><span
style='font-size:8.0pt;font-family:Arial;font-weight:bold;font-style:italic'>genbox
-cp 1PLM_tim.gro -ci plm.gro -nmol 1 -o 2PLM_tim.gro<u4:p></u4:p></span></font></i></b><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><b><i><font size=1 color=black face=Arial><span
style='font-size:8.0pt;font-family:Arial;font-weight:bold;font-style:italic'>pdb2gmx
-f 2PLM_tim.gro -o 2PLM_tim.gro -p -ter<u4:p></u4:p></span></font></i></b><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><b><i><font size=1 color=black face=Arial><span
style='font-size:8.0pt;font-family:Arial;font-weight:bold;font-style:italic'><u4:p>&nbsp;</u4:p></span></font></i></b><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><b><i><font size=1 color=black face=Arial><span
style='font-size:8.0pt;font-family:Arial;font-weight:bold;font-style:italic'>#
Palmitate No.3<u4:p></u4:p></span></font></i></b><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><b><i><font size=1 color=black face=Arial><span
style='font-size:8.0pt;font-family:Arial;font-weight:bold;font-style:italic'>genbox
-cp 2PLM_tim.gro -ci plm.gro -nmol 1 -o 3PLM_tim.gro<u4:p></u4:p></span></font></i></b><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><b><i><font size=1 color=black face=Arial><span
style='font-size:8.0pt;font-family:Arial;font-weight:bold;font-style:italic'>pdb2gmx
-f 3PLM_tim.gro -o 3PLM_tim.gro -p -ter<u4:p></u4:p></span></font></i></b><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><b><i><font size=1 color=black face=Arial><span
style='font-size:8.0pt;font-family:Arial;font-weight:bold;font-style:italic'><u4:p>&nbsp;</u4:p></span></font></i></b><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><b><i><font size=1 color=black face=Arial><span
style='font-size:8.0pt;font-family:Arial;font-weight:bold;font-style:italic'>#
Palmitate No.4<u4:p></u4:p></span></font></i></b><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><b><i><font size=1 color=black face=Arial><span
style='font-size:8.0pt;font-family:Arial;font-weight:bold;font-style:italic'>genbox
-cp 3PLM_tim.gro -ci plm.gro -nmol 1 -o 4PLM_tim.gro<u4:p></u4:p></span></font></i></b><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><b><i><font size=1 color=black face=Arial><span
style='font-size:8.0pt;font-family:Arial;font-weight:bold;font-style:italic'>pdb2gmx
-f 4PLM_tim.gro -o 4PLM_tim.gro -p &#8211;ter<u4:p></u4:p></span></font></i></b><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><b><i><font size=1 color=black face=Arial><span
style='font-size:8.0pt;font-family:Arial;font-weight:bold;font-style:italic'><u4:p>&nbsp;</u4:p></span></font></i></b><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial'>I got a different GRO than the one I got when adding
the whole 4 of PLM in one line, <u4:p></u4:p></span></font><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial'>but still, If I run the same batch of commands again,
I get the same GRO file. <u4:p></u4:p></span></font><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial'>If I run the first batch 50 times, each time
I&#8217;ll get the same GRO file as before. &nbsp;Same is true for the second
batch. Meaning the positioning is not random.<u4:p></u4:p></span></font><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial'><u4:p>&nbsp;</u4:p></span></font><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial'>I tried fiddling with it some more (removing
&#8220;-seed 100&#8221; etc., ) and still the result is the same.<u4:p></u4:p></span></font><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial'><u4:p>&nbsp;</u4:p></span></font><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial'>Thank you very much in advance and best regards,<u4:p></u4:p></span></font><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face=Arial><span style='font-size:
12.0pt;font-family:Arial'>Shay Amram<u4:p></u4:p></span></font><u1:p></u1:p><o:p></o:p></p>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt'><br>
<br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></span></font></p>

<u1:p></u1:p><pre><font size=2 color=black face="Courier New"><span
style='font-size:10.0pt'>-- <u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>------------------------------------------------------<u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Ran Friedman<u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Postdoctoral Fellow<u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Computational Structural Biology Group (A. Caflisch)<u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Department of Biochemistry<u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></pre><pre><st1:place u5:st="on"><st1:PlaceType u5:st="on"><st1:place
w:st="on"><st1:PlaceType w:st="on"><font size=2 color=black face="Courier New"><span
  style='font-size:10.0pt'>University</span></font></st1:PlaceType></st1:PlaceType> of <st1:PlaceName
 w:st="on"><st1:PlaceName u5:st="on">Zurich</st1:PlaceName></st1:place></st1:PlaceName></st1:place><u1:p></u1:p><o:p></o:p></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Winterthurerstrasse 190<u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>CH-8057 <st1:place u5:st="on"><st1:City u5:st="on"><st1:place
w:st="on"><st1:City w:st="on">Zurich</st1:City></st1:City>, <st1:country-region u5:st="on"><st1:country-region
 w:st="on">Switzerland</st1:country-region></st1:place><u1:p></u1:p></st1:country-region></st1:place><o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Tel. +41-44-6355593<u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Email: <a
href="mailto:r.friedman@bioc.unizh.ch">r.friedman@bioc.unizh.ch</a><u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Skype: ran.friedman<u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>------------------------------------------------------<u1:p></u1:p><o:p></o:p></span></font></pre><pre
wrap=""><font size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:
10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></pre><pre style='text-align:center'><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>

<hr size=4 width="90%" align=center>

</span></font></pre><pre><font size=2 color=black face="Courier New"><span
style='font-size:10.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>_______________________________________________<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a
href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'><a
href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Please search the archive at <a
href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>www interface or send it to <a
href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Can't post? Read <a
href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><o:p></o:p></span></font></pre>

<p class=MsoNormal><font size=3 color=black face="Times New Roman"><span
style='font-size:12.0pt'><br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></span></font></p>

<pre><font size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>-- <o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Ran Friedman<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Postdoctoral Fellow<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Computational Structural Biology Group (A. Caflisch)<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Department of Biochemistry<o:p></o:p></span></font></pre><pre><st1:place
w:st="on"><st1:PlaceType w:st="on"><font size=2 color=black face="Courier New"><span
  style='font-size:10.0pt'>University</span></font></st1:PlaceType> of <st1:PlaceName
 w:st="on">Zurich</st1:PlaceName></st1:place><o:p></o:p></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Winterthurerstrasse 190<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>CH-8057 <st1:place
w:st="on"><st1:City w:st="on">Zurich</st1:City>, <st1:country-region w:st="on">Switzerland</st1:country-region></st1:place><o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Tel. +41-44-6355593<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Email: <a
href="mailto:r.friedman@bioc.unizh.ch">r.friedman@bioc.unizh.ch</a><o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>Skype: ran.friedman<o:p></o:p></span></font></pre><pre><font
size=2 color=black face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></font></pre></div>

</body>

</html>