<FONT size=2>  <DIV>thanks for reply.I want to perform simulation of popc membrane.</DIV>  <DIV>Steps which i have done are as follows:</DIV>  <DIV>1. download popc128a.pdb, popc.it,lipids.itp</DIV>  <DIV>(http://moose.bio.ucalgary.ca/index.php?page=Structures_and_Topologies)</DIV>  <DIV>2. download ffgmx_lipids files</DIV>  <DIV>3.convert POPC of .top &amp; popc.itp into POP as in popc.gro</DIV>  <DIV>4. #include "ffgmx.itp" </DIV>  <DIV>#include "lipid.itp"</DIV>  <DIV>#include "popc.itp"</DIV>  <DIV>#include "ffgmxnb.itp"</DIV>  <DIV>#include "ffgmxbon.itp"</DIV>  <DIV>................ in my .top file.</DIV>  <DIV>&nbsp;</DIV>  <DIV>Now when I perform</DIV>  <DIV>pdb2gmx -ff gmx -f popc128a.pdb -o popc.gro -p popc.top</DIV>  <DIV>it shows the error that"Residue 'POP' not found in residue topology database".</DIV>  <DIV>I think that's because of the fact that ffgmx.rtp do not </DIV>  <DIV>contain "POP" residue ,but it has DPPC residue. </DIV>  <DIV>Plz suggest how can i
 solve this problem.</DIV>  <DIV>thanks.</DIV></FONT><p>&#32;


      <!--7--><hr size=1></hr> Meet people who discuss and share your passions. <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_groups_7/*http://in.promos.yahoo.com/groups"> Join them now.</a>