I think you can use The Dundee PRODRG sever to generate toluene structure and topology for gromacs, but use it with care.<br><br><br><div><span class="gmail_quote">On 9/21/07, <b class="gmail_sendername">Eva Santos</b> &lt;
<a href="mailto:esantos@iciq.es">esantos@iciq.es</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><br>Hello everyone,<br>
<br>I need to do some molecular dynamics, using gromos96 force field, with toluene as solvent.<br>I have found an article which mentions the existence of an all-atom model for this solvent parametrized under gromos96 (&nbsp;&nbsp;J.Phys
. Chem. B 2004, 108, 11774-11781). However I have not managed to find&nbsp;&nbsp;the gromacs coordinate files,&nbsp;&nbsp;the topology files, etc. to use it in gromacs.<br>Do they exist anywhere?<br><br><br>Regards,<br><br>Eva<br><br><br>_______________________________________________
<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at 
<a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>