Dear Gromacs Users,<br>
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I want to use GROMACS code to simulate the metal cluster (say Iron or
Na) on <br>
substrate (say silicon). I want to optimize the structures actually. (I have optimized some metal cluster.<br>
using gaussian software so I know the geometry of the cluster, I mean the XYZ coordinate of the atoms).<br>
But I want to optimized it using GROMACS. So is it possible using GROMCS? If yes, then HOW?<br>
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I also want to know is there any option in the code where I can implement my own potential energy <br>
function (or force field)? (I have seen Chapter 6, Item 6.6.2, but I could not able to understand whether<br>
is it sufficient to implement Second Moment Approximation [SMA] type potential here?).&nbsp; <br>
So is it possible to use implemet SMA type potential for metals in GROMACS?<br>
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I will be highly obliged if you can give me some advise regarding this. <br>
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Thanking you in advance<br>
With best regards<br>
<span>Utpal Sarkar</span>