<FONT face="Default Sans Serif,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif" size=2><DIV><DIV style="DIRECTION: ltr">Hi all,<BR><BR>The mdrun stopped &nbsp;after 2.6nS &nbsp;after writing this error:<BR>Step 1321571, time 2643.14 (ps) &nbsp;LINCS WARNING<BR>relative constraint deviation after LINCS:<BR>max 2.814066 (between atoms 2742 and 2745) rms 0.041434<BR>bonds that rotated more than 30 degrees:<BR>&nbsp;atom 1 atom 2 &nbsp;angle &nbsp;previous, current, constraint length<BR>&nbsp; 2742 &nbsp; 2743 &nbsp; 90.1 &nbsp; &nbsp;0.1728 &nbsp; 0.0946 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1000<BR>&nbsp; 2742 &nbsp; 2744 &nbsp; 90.0 &nbsp; &nbsp;0.1010 &nbsp; 0.2410 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1000<BR>&nbsp; 2742 &nbsp; 2745 &nbsp; 90.0 &nbsp; &nbsp;0.1675 &nbsp; 0.3814 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1000<BR><BR>like this for 100s of times..<BR><BR>here is the md.mdp file:<BR>cpp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= cpp<BR>include &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= -I../top<BR>define &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= md<BR>dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; = 0.002<BR>comm_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= Protein<BR>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 1<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 2500000<BR>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000<BR>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000<BR>nstlog &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 5000<BR>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 500<BR>nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 250<BR>xtc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein<BR>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= Protein non-protein<BR>nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; = 10<BR></DIV><DIV>&nbsp;</DIV><DIV><BR><DIV>Blaise&nbsp;Mathias&nbsp;Costa,&nbsp;PhD<BR>Department&nbsp;of&nbsp;Pharmacology&nbsp;and&nbsp;Experimental&nbsp;Neuroscience<BR>University&nbsp;of&nbsp;Nebraska&nbsp;Medical&nbsp;Center<BR>Omaha,&nbsp;NE&nbsp;68198-5800,&nbsp;USA.<BR>Tel:&nbsp;001&nbsp;402&nbsp;559&nbsp;7132&nbsp;<BR></DIV></DIV></FONT>