Hi Blaise,<br><br>You&#39;d better look in the log file where this starts. I bet it&#39;s either Lys-NH3+ or phosphate (ATP?) spinning like crazy. Check the archive for solutions.<br><br>Best,<br><br>Tsjerk<br><br><div><span class="gmail_quote">
On 10/2/07, <b class="gmail_sendername">Blaise Mathias-Costa</b> &lt;<a href="mailto:bmathiascosta@unmc.edu">bmathiascosta@unmc.edu</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<font face="Default Sans Serif,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif" size="2"></font><div><div style="direction: ltr;"><font face="Default Sans Serif,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif" size="2">Hi all,<br><br>The mdrun stopped &nbsp;after 
2.6nS &nbsp;after writing this error:<br>Step 1321571, time 2643.14 (ps) &nbsp;LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>max 2.814066 (between atoms 2742 and 2745) rms 0.041434<br>bonds that rotated more than 30 degrees:
<br>&nbsp;atom 1 atom 2 &nbsp;angle &nbsp;previous, current, constraint length<br>&nbsp; 2742 &nbsp; 2743 &nbsp; 90.1 &nbsp; &nbsp;0.1728 &nbsp; 0.0946 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1000<br>&nbsp; 2742 &nbsp; 2744 &nbsp; 90.0 &nbsp; &nbsp;0.1010 &nbsp; 0.2410 &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.1000<br>&nbsp; 2742 &nbsp; 2745 &nbsp; 90.0 &nbsp; &nbsp;0.1675 &nbsp; 0.3814 &nbsp; &nbsp; &nbsp;
0.1000<br><br>like this for 100s of times..<br><br>here is the md.mdp file:<br>cpp &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= cpp<br>include &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= -I../top<br>define &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= md<br>dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; = 
0.002<br>comm_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= Protein<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 1<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 2500000<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5000<br>nstlog &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 5000<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= 500
<br>nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 250<br>xtc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein<br>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;= Protein non-protein<br>nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; = 10<br></font></div><font face="Default Sans Serif,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif" size="2">
<span class="sg"><div>&nbsp;</div><div><br><div>Blaise&nbsp;Mathias&nbsp;Costa,&nbsp;PhD<br>Department&nbsp;of&nbsp;Pharmacology&nbsp;and&nbsp;Experimental&nbsp;Neuroscience<br>University&nbsp;of&nbsp;Nebraska&nbsp;Medical&nbsp;Center<br>Omaha,&nbsp;NE&nbsp;68198-5800,&nbsp;USA.<br>Tel:&nbsp;001&nbsp;402&nbsp;559&nbsp;7132&nbsp;
<br></div></div></span></font></div><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org
</a><br><a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at 
<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">
http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>Junior UD (post-doc)<br>Biomolecular NMR, Bijvoet Center<br>Utrecht University<br>Padualaan 8 
<br>3584 CH Utrecht<br>The Netherlands<br>P: +31-30-2539931&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>F: +31-30-2537623