
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=big5">

<META content="MSHTML 6.00.2900.3157" name=GENERATOR>

<STYLE></STYLE>

</HEAD>

<BODY bgColor=#ffffff>

<DIV>Hello, gmx developer and users:</DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; After modifying the source code of g_order 

in GROMACS 3.3.1 with Bug #84 and compiling again, I got the error message when 

using g_order to calculate order parameteters of POPC bilayer.</DIV>

<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; The error message is : <FONT 

color=#ff0000>grp 1 does not have same number of elements as grp1.</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Command line&nbsp;about generating .ndx 

file and using g_order are listed below :</DIV>

<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; make_ndx -f &nbsp;XXX.pdb -o 

index.ndx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

(XXX.pdb is the original structure of the system)&nbsp; (I chose system or POP 

as my index group)</DIV>

<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </DIV>

<DIV>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; g_order&nbsp; -f YYY.pdb -n index.ndx -s 

ZZZ.tpr -o -od </DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; </FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; It will be gotten the 

same error message when using GROMACS 3.3.2 version.</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Is something wrong in my 

process ?</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT 

size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Thank&nbsp;you.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

</FONT></DIV></BODY></HTML>