<FONT face="Default Sans Serif,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif" size=2><DIV>Hello Mark and Tsjerk, Thanks a lot for your suggestions. I have gone through that web site and it doesn't say anything very specific, for example if the system is not minimized properly it should have complained at the beginning, but the problem arises after 2.6nS! </DIV><DIV>I have searched in the archive, when somebody had similar problem with PR run David suggested to look for the "center-of-mass motion removal", to give POPC+Protein, but I dont have POPC in my system. In another case advised to reduce the time step, does it mean that I should reduce the time step from 0.002 to 0.001 and do the simulations from the beginning? </DIV><DIV>&nbsp;</DIV><DIV>Another suggestion was the computing power may not be sufficient, but I don't think this will be applicable for me, b'se I am running in 8 nodes each node is with 4 processors, and the unit cell size is ~96000 atoms in total.</DIV><DIV>&nbsp;</DIV><DIV>What could be the most appropriate way to solve this problem?&nbsp; Many thanks in&nbsp; advance!</DIV><DIV>&nbsp;</DIV><DIV>Kind Regards,</DIV><DIV>Blaise</DIV><DIV><BR><DIV>Blaise&nbsp;Mathias&nbsp;Costa,&nbsp;PhD<BR>Department&nbsp;of&nbsp;Pharmacology&nbsp;and&nbsp;Experimental&nbsp;Neuroscience<BR>University&nbsp;of&nbsp;Nebraska&nbsp;Medical&nbsp;Center<BR>Omaha,&nbsp;NE&nbsp;68198-5800,&nbsp;USA.<BR>Tel:&nbsp;001&nbsp;402&nbsp;559&nbsp;7132&nbsp;<BR><DIV><BR></DIV><FONT color=#990099>-----gmx-users-bounces@gromacs.org wrote: -----<BR><BR></FONT><BLOCKQUOTE style="PADDING-RIGHT: 0px; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #000000 2px solid; MARGIN-RIGHT: 0px">To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>From: Mark Abraham &lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;<BR>Sent by: gmx-users-bounces@gromacs.org<BR>Date: 10/02/2007 12:29PM<BR>Subject: Re: [gmx-users] mdrun error after 2.6nS<BR><BR><FONT face="Default Monospace,Courier New,Courier,monospace" size=2>Blaise Mathias-Costa wrote:<BR>&gt; Hi all,<BR>&gt; <BR>&gt; The mdrun stopped &nbsp;after 2.6nS &nbsp;after writing this error:<BR>&gt; Step 1321571, time 2643.14 (ps) &nbsp;LINCS WARNING<BR><BR>See <A href="http://wiki.gromacs.org/index.php/Errors#LINCS_warnings" target=blank>http://wiki.gromacs.org/index.php/Errors#LINCS_warnings</A><BR><BR>Mark<BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;gmx-users@gromacs.org<BR><A href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target=blank>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/search" target=blank>http://www.gromacs.org/search</A>&nbsp;before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <BR>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<BR>Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target=blank>http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</A><BR></FONT></BLOCKQUOTE><BR></DIV></DIV></FONT>