Hi,<br><br>I am minimizing my beautiful bilayer using steepest descent. <br>- Why does gmx write out several backups of the system as pdb files ? Perhaps because it detects a crash ? <br>- Any way to prevent these large pdb files ? I did not ask for them. 
<br>- How to prevent gmx executables from creating backups ? (although it is a nice thing)<br><br>The .mdp file and a part of the output is below.<br><br>Thank you for the help,<br><br>Maria<br clear="all"><br>mdp file<br>
##################################################################################################<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; minimization<br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = minimzation of large bilayer<br>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /usr/bin/cpp<br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DFLEXIBLE
<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; none<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; steep<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 25000<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<br>nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<br>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.10<br>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.01<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; frequency of center of mass removal
<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid ; method to update neighbour lists, &quot;grid&quot; is better for larger systems<br><br>vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; cut-off<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; cut-off<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0 ; neighbour list cutoff
<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0 ; long range elec cutoff<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0 ; long range cutoff<br><br>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br>;pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<br>###################################################################################################
<br><br><br><br>part of log<br>############################################################################################################<br>&nbsp;&nbsp; Tolerance (Fmax)&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.00000e-01<br>&nbsp;&nbsp; Number of steps&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25000<br>
Step=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0, Dmax= 1.0e-02 nm, Epot=&nbsp; 1.00778e+15 Fmax= 4.91029e+17, atom= 1315MStep=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1, Dmax= 1.0e-02 nm, Epot=&nbsp; 4.88043e+13 Fmax= 1.76149e+16, atom= 280<br>Step=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2, Dmax= 1.2e-02 nm, Epot=&nbsp; 4.51389e+12 Fmax= 5.30372e+14
, atom= 1<br>Step=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3, Dmax= 1.4e-02 nm, Epot=&nbsp; 7.71604e+11 Fmax= 2.16386e+13, atom= 38<br>Step=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4, Dmax= 1.7e-02 nm, Epot=&nbsp; 4.69028e+10 Fmax= 9.92687e+11, atom= 1<br>Step=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5, Dmax= 2.1e-02 nm, Epot=&nbsp; 1.39383e+10 Fmax= 
5.17951e+10, atom= 1<br>Step=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6, Dmax= 2.5e-02 nm, Epot=&nbsp; 4.34570e+09 Fmax= 2.21623e+10, atom= 1316<br>Step=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7, Dmax= 3.0e-02 nm, Epot=&nbsp; 2.56161e+09 Fmax= 1.88187e+10, atom= 1<br>Step=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8, Dmax= 3.6e-02 nm, Epot=&nbsp; 
1.74047e+09 Fmax= 1.13721e+09, atom= 280<br>Step=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9, Dmax= 4.3e-02 nm, Epot=&nbsp; 1.63692e+08 Fmax= 1.29252e+08, atom= 1<br>Step=&nbsp;&nbsp; 10, Dmax= 5.2e-02 nm, Epot=&nbsp; 5.35448e+07 Fmax= 4.10206e+08, atom= 1<br>Step=&nbsp;&nbsp; 11, Dmax= 6.2e-02
 nm, Epot=&nbsp; 4.40074e+07 Fmax= 1.66038e+07, atom= 1<br>Step=&nbsp;&nbsp; 12, Dmax= 7.4e-02 nm, Epot=&nbsp; 1.26246e+07 Fmax= 2.71356e+08, atom= 1<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Step=&nbsp;&nbsp; 13, Dmax= 8.9e-02 nm, Epot=&nbsp; 
9.09557e+06 Fmax= 8.05728e+07, atom= 1<br><br>Back Off! I just backed up step13.pdb to ./#step13.pdb.1#<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Step=&nbsp;&nbsp; 14, Dmax= 1.1e-01 nm, Epot=&nbsp; 8.04910e+06 Fmax= 4.36518e+08
, atom= 1<br><br>Back Off! I just backed up step14.pdb to ./#step14.pdb.1#<br>Sorry couldn&#39;t backup step14.pdb to ./#step14.pdb.1#<br><br>Back Off! I just backed up step14.pdb to ./#step14.pdb.2#<br><br>Back Off! I just backed up 
step15.pdb to ./#step15.pdb.1#<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br><br>Back Off! I just backed up step15.pdb to ./#step15.pdb.2#<br><br>Back Off! I just backed up 
step15.pdb to ./#step15.pdb.3#<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Step=&nbsp;&nbsp; 15, Dmax= 1.3e-01 nm, Epot=&nbsp; 7.90099e+06 Fmax= 1.10680e+07, atom= 1
<br><br>Back Off! I just backed up step15.pdb to ./#step15.pdb.4#<br>Sorry couldn&#39;t backup step15.pdb to ./#step15.pdb.4#<br>Sorry couldn&#39;t backup step15.pdb to ./#step15.pdb.4#<br><br>Back Off! I just backed up step15.pdb
 to ./#step15.pdb.5#<br><br>Back Off! I just backed up step16.pdb to ./#step16.pdb.1#<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br><br>Back Off! I just backed up 
step16.pdb to ./#step16.pdb.2#<br>Sorry couldn&#39;t backup step16.pdb to ./#step16.pdb.2#<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>Step=&nbsp;&nbsp; 16, Dmax= 
1.5e-01 nm, Epot=&nbsp; 3.87112e+06 Fmax= 4.91035e+06, atom= 1<br>#####################################################################################################################