<P>
&nbsp; <BR>
hi ,<BR>
&nbsp;  i am trying to use GROMACS to perform MOLECULAR DYNAMICS simulation on a small <BR>
peptide.<BR>
i gave the dimensions -d 0.75 in the 'editconf' command and then solvated the box and <BR>
energy minimized it using 'l-bfgs' minimization process.<BR>
i ran a simulation for 10 ps, but the trajectory shows that the water molecules at the surface <BR>
are suffering from unusually long bond lengths.The '.mdp' file i used is as follows<BR>
<BR>
cpp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; /usr/bin/cpp<BR>
constraints&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  = all-bonds<BR>
integrator&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; md<BR>
dt&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp; &nbsp; ; ps !<BR>
nsteps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 5000&nbsp; &nbsp;  ; total 10 ps.<BR>
nstcomm&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1<BR>
nstxout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 250<BR>
nstvout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1000<BR>
nstfout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 0<BR>
nstlog&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 100<BR>
nstenergy&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 100<BR>
nstxtcout&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 250&nbsp; ; frequency to write coordinates to 'xtc' trajectory<BR>
nstlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 10<BR>
ns_type&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; grid<BR>
rlist&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1.0<BR>
rcoulomb&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>
rvdw&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 1.0<BR>
; Berendsen temperature coupling is on in two groups<BR>
Tcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; berendsen<BR>
tc-grps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; Protein&nbsp; SOL<BR>
tau_t&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 0.1&nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.1<BR>
ref_t&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 300&nbsp; &nbsp; &nbsp; 300<BR>
; Energy monitoring<BR>
energygrps&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; Protein&nbsp; SOL<BR>
; Isotropic pressure coupling is now on<BR>
Pcoupl&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; berendsen<BR>
Pcoupltype&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = isotropic<BR>
tau_p&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 0.5<BR>
compressibility&nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 4.5e-5<BR>
ref_p&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; 1.0<BR>
; Generate velocites is off at 300 K.<BR>
gen_vel&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;  =&nbsp; no<BR>
gen_temp&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 300.0<BR>
gen_seed&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp; 173529<BR>
<BR>
~&nbsp;  i am new to this field. any kind of suggestion is welcome&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <BR>
~&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 
</P>
<br><br>