
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=big5">

<META content="MSHTML 6.00.2900.3157" name=GENERATOR>

<STYLE></STYLE>

</HEAD>

<BODY bgColor=#ffffff>

<DIV><FONT size=4>Dear all GROMACS user :</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=4>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;After generating the .ndx file which 

contained only one group that one&nbsp;tail of DPPC,</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=4>&nbsp;&nbsp;&nbsp; I use g_order to calculate order 

parameters. But there are nothing in deuter.xvg and order.xvg file.</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=4>&nbsp;&nbsp;&nbsp; The process&nbsp;is listed 

below:</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=4>&nbsp;&nbsp;&nbsp; step1: make_ndx -f XXX.pdb -o 

index.ndx</FONT></DIV>

<DIV><FONT 

size=4>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

then&nbsp;type : a C17 C18 ... C31&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; (C31 is methyl and 

C17...C30 is methylene in one tail of DPPC lipid)</FONT></DIV>

<DIV><FONT 

size=4>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;then 

type : name 3&nbsp;sn_1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;(0 is for 

system, 1 is for DPPC, 2 is for SOL&nbsp;)&nbsp;</FONT></DIV>

<DIV><FONT 

size=4>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;then 

type : q</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=4></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=4>&nbsp;&nbsp;&nbsp; step2 : delete all groups in the index.ndx 

except sn_1 group.</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=4></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=4>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;step3 : g_order -f YYY.pdb -n 

index.ndx -s .tpr -od&nbsp;</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=4></FONT>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=4>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Can someone tell me&nbsp;what wrong 

is in my process ?</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT size=4>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thank you 

very 

much.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;</FONT>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>