
<html>

<head>

<style>

.hmmessage P

{

margin:0px;

padding:0px

}

body.hmmessage

{

FONT-SIZE: 10pt;

FONT-FAMILY:Tahoma

}

</style>

</head>

<body class='hmmessage'>

hi... i have been trying to do grompp for the following file but am getting this error:<BR>

There were 1 error(s) processing your input<BR>WARNING 3 [file "popc.top", line 32]:<BR>&nbsp; 7380 non-matching atom names<BR>&nbsp; atom names from popc.top will be used<BR>&nbsp; atom names from popc.pdb will be ignored<BR>

double-checking input for internal consistency...<BR>ERROR: The cut-off length is longer than half the shortest box vector or longer than the smallest box diagonal element. Increase the box size or decrease rlist.<BR>There were 3 warnings<BR><BR>

The grompp command i am using is:<BR>

grompp -f 7eq_w.mdp -c popc.pdb -p popc.top -o poc.tpr<BR>

&nbsp;<BR>

the inputs are:<BR>

&nbsp;<BR>

popc.mdp<BR>

&nbsp;<BR>

title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = popc128a<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md<BR>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DPOSRES -DFLEX_SPC<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 25000<BR>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid<BR>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz<BR>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = hbonds<BR>constraints_algorithm= shake<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME<BR>vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cut-off<BR>rcoloumb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.4<BR>

Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = berendsen<BR>pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = berendsen<BR>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<BR>tc_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL<BR>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 300<BR>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0<BR>pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = isotropic<BR>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4.5e-5<BR>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300<BR><BR>

popc.top<BR>

&nbsp;<BR>

#include "ffgmx.itp"<BR>#include "lipid.itp"<BR>#include "popc.itp"<BR>

#ifdef FLEX_SPC<BR>#include "flexspc.itp"<BR>#else<BR>#include "spc.itp"<BR>#endif<BR>

#ifdef POSRES_WATER<BR>; Position restraint for each water oxygen<BR>[ position_restraints ]<BR>;&nbsp; i funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fcz<BR>&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1000<BR>#endif<BR>

; Include generic topology for ions<BR>#include "ions.itp"<BR>

#ifdef POSRES<BR>#include "lipid_posre.itp"<BR>#endif<BR>

[ system ]<BR>; Name<BR>Pure DPPC bilayer with 128 lipids and 3655 water molecules<BR>

[ molecules ]<BR>; Compound&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; #mols<BR>POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 128<BR>SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2460<BR>

<BR>&nbsp;<BR><br /><hr />Call friends with PC-to-PC calling -- FREE <a href='http://get.live.com/messenger/overview' target='_new'>Try it now!</a></body>

</html>