Haining,<br><br>Did you check the structure for missing atoms/residues (REMARK 465/470)?<br><br>Tsjerk<br><br><div><span class="gmail_quote">On 10/10/07, <b class="gmail_sendername">Haining Liu</b> &lt;<a href="mailto:liu123s@uwindsor.ca">
liu123s@uwindsor.ca</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">Hi,<br><br>I have a problem using Gromacs. When I use the pdb2gmx command to
<br>generate the .top and .gro files, I got the error:<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;:-)&nbsp;&nbsp;G&nbsp;&nbsp;R&nbsp;&nbsp;O&nbsp;&nbsp;M&nbsp;&nbsp;A&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp;S&nbsp;&nbsp;(-:<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Gyas ROwers Mature At Cryogenic Speed<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp;&nbsp;VERSION 
3.3.2&nbsp;&nbsp;(-:<br><br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and<br>others.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The<br>Netherlands.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Copyright (c) 2001-2007, The GROMACS development team,
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out <a href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</a> for more information.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;This program is free software; you can redistribute it and/or<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;of the License, or (at your option) any later version.<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;:-)&nbsp;&nbsp;pdb2gmx&nbsp;&nbsp;(-:<br><br>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp;&nbsp;Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description
<br>------------------------------------------------------------<br>&nbsp;&nbsp; -f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2FDG.pdb&nbsp;&nbsp;Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Generic structure: gro g96 pdb tpr<br>tpb tpa<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;xml<br>&nbsp;&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2FDG.gro&nbsp;&nbsp;Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Generic structure: gro g96 pdb xml
<br>&nbsp;&nbsp; -p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2FDG.top&nbsp;&nbsp;Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Topology file<br>&nbsp;&nbsp; -i&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;posre.itp&nbsp;&nbsp;Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Include file for topology<br>&nbsp;&nbsp; -n&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;clean.ndx&nbsp;&nbsp;Output, Opt. Index file<br>&nbsp;&nbsp; -q&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;clean.pdb&nbsp;&nbsp;Output, Opt. Generic structure: gro g96 pdb xml
<br><br>Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Type&nbsp;&nbsp; Value&nbsp;&nbsp; Description<br>------------------------------------------------------<br>-[no]h&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Print help info and quit<br>-[no]X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Use dialog box GUI to edit command line
<br>options<br>-nice&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set the nicelevel<br>-[no]merge&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Merge chains into one molecule definition<br>-ff&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;string select&nbsp;&nbsp;Force field, interactive by default. Use -<br>h for<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; information.
<br>-water&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp; spc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Water model to use: with GROMOS we<br>recommend SPC,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; with OPLS, TIP4P: spc, spce, tip3p,<br>tip4p, tip5p<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; or f3c<br>-[no]inter&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Set the next 6 options to interactive
<br>-[no]ss&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Interactive SS bridge selection<br>-[no]ter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Interactive termini selection, iso charged<br>-[no]lys&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Interactive Lysine selection, iso charged<br>-[no]arg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Interactive Arganine selection, iso charged
<br>-[no]asp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Interactive Aspartic Acid selection, iso<br>charged<br>-[no]glu&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Interactive Glutamic Acid selection, iso<br>charged<br>-[no]gln&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Interactive Glutamine selection, iso neutral
<br>-[no]his&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Interactive Histidine selection, iso<br>checking<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H-bonds<br>-angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 135&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Minimum hydrogen-donor-acceptor angle for a<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H-bond (degrees)
<br>-dist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;real&nbsp;&nbsp; 0.3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Maximum donor-acceptor distance for a H-<br>bond (nm)<br>-[no]una&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Select aromatic rings with united CH<br>atoms on<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Phenylalanine, Tryptophane and Tyrosine
<br>-[no]ignh&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Ignore hydrogen atoms that are in the pdb<br>file<br>-[no]missing bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Continue when atoms are missing, dangerous<br>-[no]v&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Be slightly more verbose in messages
<br>-posrefc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Force constant for position restraints<br>-vsite&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; enum&nbsp;&nbsp; none&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Convert atoms to virtual sites: none,<br>hydrogens<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; or aromatics<br>-[no]heavyh&nbsp;&nbsp;bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Make hydrogen atoms heavy
<br>-[no]deuterate bool no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Change the mass of hydrogens to 2 amu<br><br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/FF.dat<br><br>Select the Force Field:<br>0: GROMOS96 43a1 force field<br>1: GROMOS96 43b1 vacuum force field
<br>2: GROMOS96 43a2 force field (improved alkane dihedrals)<br>3: GROMOS96 45a3 force field (Schuler JCC 2001 22 1205)<br>4: GROMOS96 53a5 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)<br>5: GROMOS96 53a6 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656)
<br>6: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals)<br>7: Encad all-atom force field, using scaled-down vacuum charges<br>8: Encad all-atom force field, using full solvent charges<br>0<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG43a1.rtp
<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>Reading 2FDG.pdb...<br>WARNING: all CONECT records are ignored<br>Read &#39;ALKYLATED DNA REPAIR PROTEIN ALKB; 5&#39;-D(P*TP*(MA7)P*T)-3&#39;&#39;,
<br>1747 atoms<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/xlateat.dat<br>26 out of 26 lines of xlateat.dat converted succesfully<br>Analyzing pdb file<br>Gave chain 3 chain identifier &#39;C&#39;<br>There are 3 chains and 1 blocks of water and 324 residues with 1747
<br>atoms<br><br>&nbsp;&nbsp; chain&nbsp;&nbsp;#res #atoms<br>&nbsp;&nbsp; 1 &#39;A&#39;&nbsp;&nbsp; 200&nbsp;&nbsp; 1556<br>&nbsp;&nbsp; 2 &#39;B&#39;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 63<br>&nbsp;&nbsp; 3 &#39;C&#39;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;9<br>&nbsp;&nbsp; 4 &#39;-&#39;&nbsp;&nbsp; 119&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;119&nbsp;&nbsp;(only water)<br><br>All occupancies are one<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG43a1.atp
<br>Atomtype 50<br>Reading residue database... (ffG43a1)<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG43a1.rtp<br>Residue 96<br>Sorting it all out...<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG43a1.hdb
<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG43a1-n.tdb<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG43a1-c.tdb<br>Processing chain 1 &#39;A&#39; (1556 atoms, 200 residues)<br>There are 307 donors and 274 acceptors
<br>There are 442 hydrogen bonds<br>Will use HISB for residue 52<br>Will use HISB for residue 58<br>Will use HISB for residue 83<br>Will use HISA for residue 117<br>Will use HISB for residue 158<br>Will use HISA for residue 173
<br>Will use HISB for residue 183<br>Checking for duplicate atoms....<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/specbond.dat<br>6 out of 6 lines of specbond.dat converted succesfully<br>Special Atom Distance matrix:
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;MET35&nbsp;&nbsp; MET43&nbsp;&nbsp; MET47&nbsp;&nbsp; CYS50&nbsp;&nbsp;HISB52&nbsp;&nbsp;HISB58<br>MET78<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;SD270&nbsp;&nbsp; SD326&nbsp;&nbsp; SD352&nbsp;&nbsp; SG374&nbsp;&nbsp;NE2388&nbsp;&nbsp;NE2438<br>SD603<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;MET43&nbsp;&nbsp; SD326&nbsp;&nbsp; 0.512<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;MET47&nbsp;&nbsp; SD352&nbsp;&nbsp; 0.404&nbsp;&nbsp; 0.438
<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CYS50&nbsp;&nbsp; SG374&nbsp;&nbsp; 1.375&nbsp;&nbsp; 1.733&nbsp;&nbsp; 1.304<br>&nbsp;&nbsp; HISB52&nbsp;&nbsp;NE2388&nbsp;&nbsp; 1.976&nbsp;&nbsp; 2.415&nbsp;&nbsp; 2.060&nbsp;&nbsp; 1.098<br>&nbsp;&nbsp; HISB58&nbsp;&nbsp;NE2438&nbsp;&nbsp; 1.169&nbsp;&nbsp; 1.333&nbsp;&nbsp; 1.453&nbsp;&nbsp; 2.160&nbsp;&nbsp; 2.198<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;MET78&nbsp;&nbsp; SD603&nbsp;&nbsp; 1.727&nbsp;&nbsp; 2.055&nbsp;&nbsp; 1.634&nbsp;&nbsp; 0.534&nbsp;&nbsp; 0.889&nbsp;&nbsp; 
2.316<br>&nbsp;&nbsp; HISB83&nbsp;&nbsp;NE2647&nbsp;&nbsp; 2.030&nbsp;&nbsp; 2.379&nbsp;&nbsp; 1.967&nbsp;&nbsp; 0.828&nbsp;&nbsp; 0.738&nbsp;&nbsp; 2.511<br>0.354<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CYS86&nbsp;&nbsp; SG669&nbsp;&nbsp; 1.983&nbsp;&nbsp; 2.179&nbsp;&nbsp; 1.783&nbsp;&nbsp; 1.042&nbsp;&nbsp; 1.412&nbsp;&nbsp; 2.546<br>0.647<br>&nbsp;&nbsp; CYS103&nbsp;&nbsp; SG793&nbsp;&nbsp; 1.332&nbsp;&nbsp; 1.583&nbsp;&nbsp; 1.151&nbsp;&nbsp; 0.441&nbsp;&nbsp; 1.336
&nbsp;&nbsp; 2.130<br>0.571<br>HISA117&nbsp;&nbsp;NE2902&nbsp;&nbsp; 1.137&nbsp;&nbsp; 0.874&nbsp;&nbsp; 0.844&nbsp;&nbsp; 1.778&nbsp;&nbsp; 2.418&nbsp;&nbsp; 1.659&nbsp;&nbsp; 1.898<br>HISB158 NE21226&nbsp;&nbsp; 2.370&nbsp;&nbsp; 2.389&nbsp;&nbsp; 2.050&nbsp;&nbsp; 1.701&nbsp;&nbsp; 2.709&nbsp;&nbsp; 3.430&nbsp;&nbsp; 1.866<br>HISA173 NE21348&nbsp;&nbsp; 1.409&nbsp;&nbsp; 1.201&nbsp;&nbsp; 1.096&nbsp;&nbsp; 1.797&nbsp;&nbsp; 
2.415&nbsp;&nbsp; 1.898&nbsp;&nbsp; 1.833<br>HISB183 NE21423&nbsp;&nbsp; 2.480&nbsp;&nbsp; 2.432&nbsp;&nbsp; 2.147&nbsp;&nbsp; 2.005&nbsp;&nbsp; 3.052&nbsp;&nbsp; 3.576&nbsp;&nbsp; 2.217<br>&nbsp;&nbsp; CYS189&nbsp;&nbsp;SG1467&nbsp;&nbsp; 1.697&nbsp;&nbsp; 1.684&nbsp;&nbsp; 1.437&nbsp;&nbsp; 1.597&nbsp;&nbsp; 2.689&nbsp;&nbsp; 2.859<br>2.005<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HISB83&nbsp;&nbsp; CYS86&nbsp;&nbsp;CYS103 HISA117 HISB158 HISA173
<br>HISB183<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NE2647&nbsp;&nbsp; SG669&nbsp;&nbsp; SG793&nbsp;&nbsp;NE2902 NE21226 NE21348<br>NE21423<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;CYS86&nbsp;&nbsp; SG669&nbsp;&nbsp; 0.777<br>&nbsp;&nbsp; CYS103&nbsp;&nbsp; SG793&nbsp;&nbsp; 0.924&nbsp;&nbsp; 0.768<br>HISA117&nbsp;&nbsp;NE2902&nbsp;&nbsp; 2.208&nbsp;&nbsp; 1.758&nbsp;&nbsp; 1.443<br>HISB158 NE21226&nbsp;&nbsp; 
2.113&nbsp;&nbsp; 1.745&nbsp;&nbsp; 1.523&nbsp;&nbsp; 2.213<br>HISA173 NE21348&nbsp;&nbsp; 2.125&nbsp;&nbsp; 1.581&nbsp;&nbsp; 1.410&nbsp;&nbsp; 0.343&nbsp;&nbsp; 2.126<br>HISB183 NE21423&nbsp;&nbsp; 2.484&nbsp;&nbsp; 2.093&nbsp;&nbsp; 1.818&nbsp;&nbsp; 2.292&nbsp;&nbsp; 0.403&nbsp;&nbsp; 2.228<br>&nbsp;&nbsp; CYS189&nbsp;&nbsp;SG1467&nbsp;&nbsp; 2.327&nbsp;&nbsp; 2.111&nbsp;&nbsp; 1.513&nbsp;&nbsp; 1.882&nbsp;&nbsp; 1.060&nbsp;&nbsp; 1.967
<br>0.992<br><br><br>N-terminus: NH3+<br>C-terminus: COO-<br>WARNING: atom CA not found in residue 200 while adding atom<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program pdb2gmx, VERSION 3.3.2<br>
Source code file: genhydro.c, line: 304<br><br>Fatal error:<br>Atom CA not found in residue LYSH200 while adding hydrogens<br>-------------------------------------------------------<br><br>&quot;She&#39;s a Good Sheila Bruce&quot; (Monty Python)
<br><br>The pdb file is downloaded from <a href="http://www.pdb.org">www.pdb.org</a> without any changing. Can<br>someone help to fix this problem?<br><br>Thanks,<br>Haining<br>_______________________________________________
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Ph.D.<br>Junior UD (post-doc)<br>Biomolecular NMR, Bijvoet Center<br>Utrecht University<br>Padualaan 8 <br>3584 CH Utrecht<br>The Netherlands<br>P: +31-30-2539931&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br>F: +31-30-2537623