<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">You can apply&nbsp;external forces to subsets of atoms, in such a way as to cause your box to shrink by itself.<BR><BR>
<DIV style="FONT-SIZE: 12pt; FONT-FAMILY: times new roman, new york, times, serif">----- Original Message ----<BR>From: WU Yanbin &lt;wuyb02@gmail.com&gt;<BR>To: gmx-users@gromacs.org<BR>Sent: Tuesday, October 9, 2007 11:40:21 PM<BR>Subject: [gmx-users] How to change the box size during simuation<BR><BR>Hey,<BR>&nbsp; Now I'm simulating infinite molecules. I want to change the box size a lit bit every time step so as to induce some stress in this system.<BR>&nbsp; Is there any way in gromacs to do this, apart from modifying the code? Thanks in advance. <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Yours
 Sincerely,<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; WU Yanbin<BR></DIV><BR></DIV></div><br>
      <hr size=1>Building a website is a piece of cake. <br>Yahoo! Small Business gives you <a href="http://us.rd.yahoo.com/evt=48251/*http://smallbusiness.yahoo.com/webhosting/?p=PASSPORTPLUS">all the tools to get online.</a></body></html>