<p>Tsjerk,</p><p>I just started to learn Gromacs. But how do I check the missing atoms?</p><p>Thanks,</p><p>Haining</p><p>On Wed, 10 Oct 2007 06:41:31 +0200 &quot;Tsjerk Wassenaar&quot; <tsjerkw@gmail.com />wrote: <br />&gt; Haining, <br />&gt; <br />&gt; Did you check the structure for missing atoms/residues (REMARK 465/470)? <br />&gt; <br />&gt; Tsjerk <br />&gt; <br />&gt; On 10/10/07, Haining Liu <liu123s@uwindsor.ca />wrote: <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; Hi, <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; I have a problem using Gromacs. When I use the pdb2gmx command to <br />&gt; &gt; generate the .top and .gro files, I got the error: <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; :-) G R O M A C S (-: <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; Gyas ROwers Mature At Cryogenic Speed <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; :-) VERSION 3.3.2 (-: <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and <br />&gt; &gt; others. <br />&gt; &gt; Copyright (c) 1991-2000, U!
 niversity of Groningen, The <br />&gt; &gt; Netherlands. <br />&gt; &gt; Copyright (c) 2001-2007, The GROMACS development team, <br />&gt; &gt; check out http://www.gromacs.org for more information. <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; This program is free software; you can redistribute it and/or <br />&gt; &gt; modify it under the terms of the GNU General Public License <br />&gt; &gt; as published by the Free Software Foundation; either version 2 <br />&gt; &gt; of the License, or (at your option) any later version. <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; :-) pdb2gmx (-: <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; Option Filename Type Description <br />&gt; &gt; ------------------------------------------------------------ <br />&gt; &gt; -f 2FDG.pdb Input Generic structure: gro g96 pdb tpr <br />&gt; &gt; tpb tpa <br />&gt; &gt; xml <br />&gt; &gt; -o 2FDG.gro Output Generic structure: gro g96 pdb xml <br />&gt; &gt; -p 2FDG.top Output Topology file <br />&gt; &gt; -i posre.itp Output Include fil!
 e for topology <br />&gt; &gt; -n clean.ndx Output, Opt. Index file <b
r />&gt; &gt; -q clean.pdb Output, Opt. Generic structure: gro g96 pdb xml <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; Option Type Value Description <br />&gt; &gt; ------------------------------------------------------ <br />&gt; &gt; -[no]h bool no Print help info and quit <br />&gt; &gt; -[no]X bool no Use dialog box GUI to edit command line <br />&gt; &gt; options <br />&gt; &gt; -nice int 0 Set the nicelevel <br />&gt; &gt; -[no]merge bool no Merge chains into one molecule definition <br />&gt; &gt; -ff string select Force field, interactive by default. Use - <br />&gt; &gt; h for <br />&gt; &gt; information. <br />&gt; &gt; -water enum spc Water model to use: with GROMOS we <br />&gt; &gt; recommend SPC, <br />&gt; &gt; with OPLS, TIP4P: spc, spce, tip3p, <br />&gt; &gt; tip4p, tip5p <br />&gt; &gt; or f3c <br />&gt; &gt; -[no]inter bool no Set the next 6 options to interactive <br />&gt; &gt; -[no]ss bool no Interactive SS bridge selection <br />&gt; &gt; -[no]ter bool no Interac!
 tive termini selection, iso charged <br />&gt; &gt; -[no]lys bool no Interactive Lysine selection, iso charged <br />&gt; &gt; -[no]arg bool no Interactive Arganine selection, iso charged <br />&gt; &gt; -[no]asp bool no Interactive Aspartic Acid selection, iso <br />&gt; &gt; charged <br />&gt; &gt; -[no]glu bool no Interactive Glutamic Acid selection, iso <br />&gt; &gt; charged <br />&gt; &gt; -[no]gln bool no Interactive Glutamine selection, iso neutral <br />&gt; &gt; -[no]his bool no Interactive Histidine selection, iso <br />&gt; &gt; checking <br />&gt; &gt; H-bonds <br />&gt; &gt; -angle real 135 Minimum hydrogen-donor-acceptor angle for a <br />&gt; &gt; H-bond (degrees) <br />&gt; &gt; -dist real 0.3 Maximum donor-acceptor distance for a H- <br />&gt; &gt; bond (nm) <br />&gt; &gt; -[no]una bool no Select aromatic rings with united CH <br />&gt; &gt; atoms on <br />&gt; &gt; Phenylalanine, Tryptophane and Tyrosine <br />&gt; &gt; -[no]ignh bool no Ignore hydrogen!
  atoms that are in the pdb <br />&gt; &gt; file <br />&gt; &gt; -[no]m
issing bool no Continue when atoms are missing, dangerous <br />&gt; &gt; -[no]v bool no Be slightly more verbose in messages <br />&gt; &gt; -posrefc real 1000 Force constant for position restraints <br />&gt; &gt; -vsite enum none Convert atoms to virtual sites: none, <br />&gt; &gt; hydrogens <br />&gt; &gt; or aromatics <br />&gt; &gt; -[no]heavyh bool no Make hydrogen atoms heavy <br />&gt; &gt; -[no]deuterate bool no Change the mass of hydrogens to 2 amu <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/FF.dat <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; Select the Force Field: <br />&gt; &gt; 0: GROMOS96 43a1 force field <br />&gt; &gt; 1: GROMOS96 43b1 vacuum force field <br />&gt; &gt; 2: GROMOS96 43a2 force field (improved alkane dihedrals) <br />&gt; &gt; 3: GROMOS96 45a3 force field (Schuler JCC 2001 22 1205) <br />&gt; &gt; 4: GROMOS96 53a5 force field (JCC 2004 vol 25 pag 1656) <br />&gt; &gt; 5: GROMOS96 53a6 force field (JCC 2004 vo!
 l 25 pag 1656) <br />&gt; &gt; 6: OPLS-AA/L all-atom force field (2001 aminoacid dihedrals) <br />&gt; &gt; 7: Encad all-atom force field, using scaled-down vacuum charges <br />&gt; &gt; 8: Encad all-atom force field, using full solvent charges <br />&gt; &gt; 0 <br />&gt; &gt; Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG43a1.rtp <br />&gt; &gt; Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/aminoacids.dat <br />&gt; &gt; Reading 2FDG.pdb... <br />&gt; &gt; WARNING: all CONECT records are ignored <br />&gt; &gt; Read 'ALKYLATED DNA REPAIR PROTEIN ALKB; 5'-D(P*TP*(MA7)P*T)-3'', <br />&gt; &gt; 1747 atoms <br />&gt; &gt; Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/xlateat.dat <br />&gt; &gt; 26 out of 26 lines of xlateat.dat converted succesfully <br />&gt; &gt; Analyzing pdb file <br />&gt; &gt; Gave chain 3 chain identifier 'C' <br />&gt; &gt; There are 3 chains and 1 blocks of water and 324 residues with 1747 <br />&gt; &gt; atoms!
  <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; chain #res #atoms <br />&gt; &gt; 1 '
A' 200 1556 <br />&gt; &gt; 2 'B' 3 63 <br />&gt; &gt; 3 'C' 2 9 <br />&gt; &gt; 4 '-' 119 119 (only water) <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; All occupancies are one <br />&gt; &gt; Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG43a1.atp <br />&gt; &gt; Atomtype 50 <br />&gt; &gt; Reading residue database... (ffG43a1) <br />&gt; &gt; Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG43a1.rtp <br />&gt; &gt; Residue 96 <br />&gt; &gt; Sorting it all out... <br />&gt; &gt; Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG43a1.hdb <br />&gt; &gt; Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG43a1-n.tdb <br />&gt; &gt; Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG43a1-c.tdb <br />&gt; &gt; Processing chain 1 'A' (1556 atoms, 200 residues) <br />&gt; &gt; There are 307 donors and 274 acceptors <br />&gt; &gt; There are 442 hydrogen bonds <br />&gt; &gt; Will use HISB for residue 52 <br />&gt; &gt; Will use HISB for!
  residue 58 <br />&gt; &gt; Will use HISB for residue 83 <br />&gt; &gt; Will use HISA for residue 117 <br />&gt; &gt; Will use HISB for residue 158 <br />&gt; &gt; Will use HISA for residue 173 <br />&gt; &gt; Will use HISB for residue 183 <br />&gt; &gt; Checking for duplicate atoms.... <br />&gt; &gt; Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/specbond.dat <br />&gt; &gt; 6 out of 6 lines of specbond.dat converted succesfully <br />&gt; &gt; Special Atom Distance matrix: <br />&gt; &gt; MET35 MET43 MET47 CYS50 HISB52 HISB58 <br />&gt; &gt; MET78 <br />&gt; &gt; SD270 SD326 SD352 SG374 NE2388 NE2438 <br />&gt; &gt; SD603 <br />&gt; &gt; MET43 SD326 0.512 <br />&gt; &gt; MET47 SD352 0.404 0.438 <br />&gt; &gt; CYS50 SG374 1.375 1.733 1.304 <br />&gt; &gt; HISB52 NE2388 1.976 2.415 2.060 1.098 <br />&gt; &gt; HISB58 NE2438 1.169 1.333 1.453 2.160 2.198 <br />&gt; &gt; MET78 SD603 1.727 2.055 1.634 0.534 0.889 2.316 <br />&gt; &gt; HISB83 NE2647 2.030 2.379 1.!
 967 0.828 0.738 2.511 <br />&gt; &gt; 0.354 <br />&gt; &gt; CYS86 SG66
9 1.983 2.179 1.783 1.042 1.412 2.546 <br />&gt; &gt; 0.647 <br />&gt; &gt; CYS103 SG793 1.332 1.583 1.151 0.441 1.336 2.130 <br />&gt; &gt; 0.571 <br />&gt; &gt; HISA117 NE2902 1.137 0.874 0.844 1.778 2.418 1.659 1.898 <br />&gt; &gt; HISB158 NE21226 2.370 2.389 2.050 1.701 2.709 3.430 1.866 <br />&gt; &gt; HISA173 NE21348 1.409 1.201 1.096 1.797 2.415 1.898 1.833 <br />&gt; &gt; HISB183 NE21423 2.480 2.432 2.147 2.005 3.052 3.576 2.217 <br />&gt; &gt; CYS189 SG1467 1.697 1.684 1.437 1.597 2.689 2.859 <br />&gt; &gt; 2.005 <br />&gt; &gt; HISB83 CYS86 CYS103 HISA117 HISB158 HISA173 <br />&gt; &gt; HISB183 <br />&gt; &gt; NE2647 SG669 SG793 NE2902 NE21226 NE21348 <br />&gt; &gt; NE21423 <br />&gt; &gt; CYS86 SG669 0.777 <br />&gt; &gt; CYS103 SG793 0.924 0.768 <br />&gt; &gt; HISA117 NE2902 2.208 1.758 1.443 <br />&gt; &gt; HISB158 NE21226 2.113 1.745 1.523 2.213 <br />&gt; &gt; HISA173 NE21348 2.125 1.581 1.410 0.343 2.126 <br />&gt; &gt; HISB183 NE21423 2.484 2.093 1.818 2!
 .292 0.403 2.228 <br />&gt; &gt; CYS189 SG1467 2.327 2.111 1.513 1.882 1.060 1.967 <br />&gt; &gt; 0.992 <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; N-terminus: NH3+ <br />&gt; &gt; C-terminus: COO- <br />&gt; &gt; WARNING: atom CA not found in residue 200 while adding atom <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; ------------------------------------------------------- <br />&gt; &gt; Program pdb2gmx, VERSION 3.3.2 <br />&gt; &gt; Source code file: genhydro.c, line: 304 <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; Fatal error: <br />&gt; &gt; Atom CA not found in residue LYSH200 while adding hydrogens <br />&gt; &gt; ------------------------------------------------------- <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; &quot;She's a Good Sheila Bruce&quot; (Monty Python) <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; The pdb file is downloaded from www.pdb.org without any changing. Can <br />&gt; &gt; someone help to fix this problem? <br />&gt; &gt; <br />&gt; &gt; Thanks, <br />&gt; &gt; Haining <br />&gt; &gt; ________!
 _______________________________________ <br />&gt; &gt; gmx-users mail
ing list gmx-users@gromacs.org <br />&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users <br />&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting! <br />&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br />&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org. <br />&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php <br />&gt; &gt; <br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; <br />&gt; -- <br />&gt; Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D. <br />&gt; Junior UD (post-doc) <br />&gt; Biomolecular NMR, Bijvoet Center <br />&gt; Utrecht University <br />&gt; Padualaan 8 <br />&gt; 3584 CH Utrecht <br />&gt; The Netherlands <br />&gt; P: +31-30-2539931 <br />&gt; F: +31-30-2537623 </p>