Hi Prof. David.<br><br>What details do you mean? Actual topology files are attached. Anything else?<br><br>Thanks a lot in advance!<br><br>Sincerally yours,<br><br>Jones<br><br><div><span class="gmail_quote">On 10/11/07, <b class="gmail_sendername">
David van der Spoel</b> &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Jones de Andrade wrote:<br>&gt; Thanks Prof. David.<br>&gt;<br>&gt; I&#39;ve done all that now, but at the moment I&#39;m locked getting lots of the<br>&gt; &quot;lovelly&quot; error:<br>&gt;<br>&gt; Warning: 1-4 interaction between 7 and 16 at distance 
4.302 which is<br>&gt; larger than the 1-4 table size 1.000 nm<br>&gt; These are ignored for the rest of the simulation<br>&gt; This usually means your system is exploding,<br>&gt; if not, you should increase table-extension in your mdp file
<br>&gt; step 0Segmentation fault<br><br>please give more details...<br><br><br>&gt;<br>&gt; I&#39;ve visually checked the .gro file, and the atoms mentioned are not<br>&gt; from start at such crazy distances. I&#39;ve included extra exclusions
<br>&gt; between the virtual sites and the atoms that are at &quot;one&quot; and &quot;two&quot;<br>&gt; &quot;bonds&quot; away.<br>&gt;<br>&gt; Does it means I should include also the 1-4 in the exclusions or pair<br>&gt; sections? Sorry, never dealt with dummy sites before this. I thought
<br>&gt; using a pre-equilibrated box with a different model would at least avoid<br>&gt; explosion problems, so or I missing something, of this assumption was<br>&gt; completelly wrong.<br>&gt;<br>&gt; Thanks a lot in advance,
<br>&gt;<br>&gt; Sincerally yours<br>&gt;<br>&gt; Jones<br>&gt;<br>&gt; On 10/11/07, *David van der Spoel* &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">
spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt; wrote:<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Jones de Andrade wrote:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Hi all.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Well, I&#39;m having a bit of trouble here because the work has<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; decided to
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; go in the direction of something I&#39;ve never used before with gromacs:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; dummy atoms (or now &quot;virtual sites&quot;).<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I assume this is not for a protein, in which case pdb2gmx does it
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; for you.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; I&#39;ve got at least three questions in order to use them:<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; 1 - does the virtual sites need to be included in the .gro files in
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; order to make a simulation run?<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Yes.<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; 2 - do I need to include them in the &quot;exclusion list&quot;?<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; It depends, but usually yes.<br>
&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; 3 - do I need to include them in the &quot;atoms&quot; section?<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Yes.<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Thanks a lot in advance for any help anyone can provide in these
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; subjects. ;)<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Check the mannual too. Chapter 5. An dtopologies for TIP4P, TIP5P etc.<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Sincerally yours,<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Jones
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ------------------------------------------------------------------------<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; _______________________________________________
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">
http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posting!<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
</a>&gt;.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;<a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">
http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a>&gt;<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ________________________________________________________________________<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; David van der Spoel, PhD, Assoc. Prof., Molecular Biophysics group,
<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Husargatan 3, Box 596,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;75124 Uppsala, Sweden<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; phone:&nbsp;&nbsp;46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fax: 46 18 511 755<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">
spoel@xray.bmc.uu.se</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@gromacs.org">
spoel@gromacs.org</a>&gt;&nbsp;&nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; _______________________________________________
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http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; posting!<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the
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</a><br><br><br>--<br>David van der Spoel, Ph.D.<br>Molec. Biophys. group, Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:&nbsp;&nbsp;+46184714205. Fax: +4618511755.<br><a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">
spoel@xray.bmc.uu.se</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</a>&nbsp;&nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se">http://folding.bmc.uu.se</a><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search">
http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org
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